只要國軍進行組織調整，負責台澎防空作戰的飛彈指揮部就要大風吹一次，這次由國防部長馮世寬拍板定案的飛彈指揮部移編回空軍，其考量是指揮管制一元化，讓空防組織扁平化，軍方人士指出，但是空軍一直沒有培養飛彈專業軍官，只要下任國防部長考量防空飛彈部隊的建軍戰備，還是需要由專業軍官來主導規畫，飛彈指揮部的指揮權就如同政黨輪替，又要再移編一次。

為讓指揮與備戰能一元化，使組織扁平並簡化層級。

國防部官員表示，2012年初配合國軍「精粹案」組織變革，飛彈指揮部的指揮權從空軍移編到國防部參謀本部防空飛彈指揮部，整併天弓飛彈、鷹式飛彈及愛國者飛彈等中、高防空飛彈部隊，實際還是由陸軍飛彈兵科人員在運用。

但是防空部隊除了建軍備戰訓練是由陸軍飛彈兵科軍官規畫之外，其他作戰管制與運用完全是由空軍作戰指揮部在指揮，因此不讓指揮與備戰訓練兩元化，因此在2015年國防部戰規司就將防空飛彈部隊移編回空軍，以利指管一元化再次進行研究。

該名人士表示，當蔡政府執政，國防部長馮世寬為了組織扁平並簡化指揮層級，飛彈指揮部移編回空軍方案快速的在2016年8月初拍板定案，原先預定是在2017年元旦飛彈指揮部移編到空軍，飛彈指揮部的人事晉用在9月進行管制，該指揮部也從9月起開始參與空軍司令部的行政會議，提前交流以利移編後作業順利。但是因人事上的調整來不及，因此將移編的時間改為2017年的3月實施。

防空飛彈人才，只有陸軍在培養，連空軍主管也解釋不清飛彈部署。

據指出，防空飛彈指揮部的愛國者3型、天弓2型3型防空飛彈，並有數量不明的戰術反制飛彈（即地對地飛彈）以及雄2E巡弋飛彈，這些飛彈部隊將隨著軍方戰略調整構想，全數移編給空軍。但是屬於戰略武器的戰術反制飛彈與雄2E巡弋飛彈的指揮權還是在參謀總長，如何運用與平時的訓練，則不受空軍的指揮與管制。

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軍方人士指出，國軍長期以來一直是陸軍培養防空飛彈的專業人才，目前飛彈指揮部的主要專業幹部都是來自陸軍，過去飛彈指揮部有5年是由空軍主導，但一直沒有培養人才，經常是空軍主官看不懂，也解釋不清楚飛彈部署的規畫，最後基於由專業人士來管理的前提下，又回交由陸軍來管理，因此這次若不好好思考陸軍培養防空飛彈的專業人才的出路，未來移編的可能還是會再來一次。

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