基地組織在2001年9月11日於美國發動九一一襲擊事件（September 11 attacks），至今將近3千人確認死亡，另有數萬個屍塊無法被辨認，許多參與清理、調查、救災的人員罹患了創傷後遺症，有毒粉塵與殘骸也嚴重影響民眾健康。

當日，19名基地組織恐怖分子劫持4架民航客機，此4架飛機上無人生還。其中兩架撞進紐約世界貿易中心雙塔，兩棟大樓在數小時內倒塌。

報告指出，每架飛機有多名劫機的恐怖份子，他們持刀槍殺害、重傷機上機組人員與乘客，部分人甚至持有胡椒噴霧與催淚瓦斯。

第3架飛機則撞進美國國防部的五角大廈。第4架飛機在飛向華盛頓特區的過程中，乘客與機組人員嘗試與恐怖份子爭奪控制權，原預計衝往美國國會或白宮，最終在賓夕法尼亞州尚克斯維爾田野墜毀。

當日上午9時42分，美國聯邦航空總署（FAA）宣布美國本土境內所有民用班機即刻停飛，已在飛行中的民用飛機必須立刻降落，所有國際民用飛機必須折返，或飛到加拿大與墨西哥機場，美國領土禁止降落三天。

繼珍珠港事件以後，九一一恐攻是外國勢力第二次對美國領土直接造成大規模傷亡的攻擊活動，美國2001年10月7日對阿富汗發動戰爭。2011年5月1日擊殺賓拉登，同年七月逐步撤軍。

事件發生後，除了開啟長達20年的反恐戰爭外，美國境內對於穆斯林的仇恨犯罪案件猛烈增加，不少亞裔族群也遭受波及。即使穆斯林組織第一時間譴責恐怖攻擊，美國的極端份子仍以破壞、縱火、襲擊、槍擊、騷擾和威脅穆斯林與錫克教教徒。

世貿大樓倒塌

世貿大樓倒塌的畫面不只在美國當地掀起了波瀾，也震驚了全球。然而，飛機撞進大樓是否足以使建築物以接近自由落體的速度坍塌，仍沒有定論。此外，除了南北兩塔以外，未受攻擊的其他大樓也隨之倒下。

2001年9月11日，一架飛機先是在8時46分以每小時710公里撞向北塔的北側，93樓與99樓首當其衝；17分鐘後，第二架飛機以每小時870公里的速度撞向南塔南側。

即使擁有航空煤油的飛機撞向大樓，大火釋放的熱能也不足以達到融化鋼結構的溫度。

一說為定向爆破摧毀了下層建築結構，也使大量塵埃壟罩著世貿中心周圍；另一種說法為，當飛機撞擊導致火災後，結構逐漸軟化變形，最終大樓整座倒塌。

然而，殘骸在發生事件不久後被緊急送往美國境外，也未能及時驗出是否有化學物質的干擾或爆破痕跡。

沒被公開的28頁

關於九一一事件的調查報告書，有28頁長期處於保密狀態。美國國會議員可以在監視與宣誓保密的狀態下閱讀此資料。

共和黨議員馬西（Thomas Massie）說道，讀起這份文件時感到震驚，每隔幾頁就必須停下來，重新調整過去十幾年來對於歷史的認知。他指出，美國公眾必須也閱讀這份報告，以了解九一一事件的前因後果，「誰才是真正的朋友與敵人」。

2021年9月4日，美國總統拜登簽署行政命令，要求解密與九一一恐攻的調查報告書，限期6個月內對外公布。眾議院情報委員會主席西夫（Adam Schiff）聲明支持拜登的決定，適逢九一一20週年之際，遇難者的家屬以及所有美國人有權了解完整的故事。