針對台大校長楊泮池表明不續任校長職務一事，台大口腔所張正琪教授表示，校長續任與否不是論文造假案的重點，而是校長處理論文造假案有沒有做到公正、公開及客觀、獨立審查原則。

張正琪表示，因為楊泮池校長已經被台大調查小組、特別委員會及教師評審委員會認定應該撤稿的Cencer Cell 2006的共同作者，也是掛名第二作者，台大教評會卻沒有做出任何處分，然而掛名第三作者的張正琪卻被重懲（解聘、撤銷教授、五年不得申請教師及補助），有違常理，明顯不公。

至於郭大維副校長出示護照表明沒有密會一事，張正琪特別表明在林達德主秘、郭明良教授兩人都承認有2016/11/11密會之際，如果外界還有疑義，張正琪願意與楊泮池校長及校長室秘書余佩琦公開對質及測謊，來證明確實有2016/11/11的校長室秘會，要求閉嘴、喬特別委員會名單及安排郭明良去藥廠工作，以免郭大維出席與否模糊了校長室密會一事。

另外，張正琪指出楊泮池校長處理台大論文造假案的「校園黑箱作業」，已經成為「楊P的六道陰影」：

一沒有利益迴避，由校長指成立特別調查委員會並決定委員會成員，而由副校長來調查校長論文的學術倫理責任，開了沒有利益迴避的先例。

二在程序調查中，調查小組及特別委員會調查階段不給當事人對談及申辯機會，審議過程嚴重瑕疵。

三在實質審查上，論文審議認定竟然採信「不實的自白書」及「串供」，讓無辜第三人受罪解聘。

四在實質認定上，把論文的第三作者當成第一作者，而且重懲第三作者、輕放第一、第二作者及通訊作者，有失公允。

五在程序救濟上，教評會的處分在未經三級三審法定程序完成前，就剝奪張正琪教授的授課權益及教授證書，甚至剝奪被處分人申請閱卷的權益，簡直就是「黑箱作業」。

六在處理方法上，用政治手法（要求閉嘴、影響立委及媒體等）來處理專業的學術倫理案件，讓台大無法以大學自治、自律及獨立的精神面對學術倫理問題。

 張正琪再次重申，台大校級教師評審委員會未查明事證，未究明論文造假真正應負責之人，處分明顯輕重失衡、有失公允，有違比例原則，應立即撤銷對張正琪及其他七人的懲處，重啓公正、客觀及獨立的調查程序，讓當事人有完整參與討論及答辯的機會，把事實真相公諸社會大眾。

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