針對台北車站聯合防災中心的建置速度，台北市長柯文哲槓上交通部。柯文哲不滿台北車站每天出入人口達50萬人次，但聯合防災中心卻遲遲未完工。交通部17日發布新聞稿呼籲柯市長不要「危言聳聽」，而18日上午柯文哲受訪回擊交通部，表示如果交通部不想做，「我們自己扛起來」。

柯文哲相當不滿台北車站聯合防災中心的設立進度，14日就痛批批交通部「很會拖，擺爛文化，已經罵兩年了」。15日時他受訪時還進一步表示，台北車站聯合防災中心早於2006年就有計畫成立，但卻遲遲沒有做出成果。還說，「想說民進黨上任會好一點，也沒有比較快」。

對此，交通部次長王國材率先回應，新政府去年上任後，配合台北市政府辦理台北智慧車站計畫案的期程要求，把各單位納入中心，積極推動聯合防災中心成立，也訂出後年3月完工為目標，進度「比大巨蛋順利」。而柯文哲則在16日怒嗆王國材，表示「錯就錯，何必鬼扯，」直說「非把他宰了。」

交通部在17日的新聞稿中回應，台北車站的防災應變是採分區管理整合運作為主，各相關單位則設置應變中心協調運作，且各單位每年均參與演練，也有防災應變計畫，確保台北車站特定區聯合防災的安全。並且指出，柯市長批評聯合防災中心未完工前會有公安問題是「危言聳聽」，造成民眾恐慌。

而柯文哲在18日受訪時則回應，現在的台北車站是切割的，各個單位「各管各的」，跟演練是兩回事，應該並且拒絕「口水戰」，表示若交通部不做，台北市政府則自己處理、「自己扛起來做」。

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