民進黨年底是否和柯文哲合作引發外界關注，陳菊26日上政論節目受訪時提到，他不會相信柯文哲，陳菊還說從她的臉書留言能感覺到禮讓柯，會被支持者「打死」，對此，柯文哲27日回應，「那也還好才一票」，還是一句話，「這個國家選舉太多了」。而陳菊27日接受《中央社》專訪，再提柯說，「當國民黨若干議員罵我們，他就順著也踹我們一下，我都覺得好奇怪。」

陳菊27日接受中央社專訪，再次談到柯文哲時說，外界對高雄的監督批評，她都虛心接受，但是柯文哲對高雄有很多的批評。陳菊也坦言，民進黨基層對台北市長柯文哲確有反彈，有人在她的臉書留言，說什麼她要去當總統蔡英文的「桶箍」、要輔選柯文哲，把她罵得要死，她會請選對會成員、副市長史哲到選對會反映基層聲音。

陳菊認為，「當國民黨若干議員罵我們，他就順著也踹我們一下，我都覺得好奇怪」，柯文哲對高雄的財務結構了解多少？台北市占盡首都的資源，但高雄市面積比台北市大13倍，人口比台北市多8、9萬，城鄉的差距是有很多問題，根本是「飽漢不知餓漢饑」，高雄市真的是很辛苦。

陳菊說，柯文著認為高雄捷運沒人坐，但高雄捷運是從謝長廷市長時代拚了半天，紅橘兩線用BOT的方式，一站一站地核准，中間辛苦不在話下。

「另一個讓我印象深刻的是蘇麗瓊的事情」，陳菊透露，對於子弟兵、前台北市祕書長蘇麗瓊的離職風波，「很心疼」。

陳菊說，蘇麗瓊原本擔任高雄市副祕書長，但被柯文哲找去當台北市祕書長，當時蘇麗瓊來找她，她覺得蘇麗瓊是優秀文官，若能擔任文官最高階的祕書長，她當然答應且支持。

對於蘇麗瓊的離職風波，陳菊表示也曾打電話向她加油。陳菊說，後來蘇麗瓊要離開柯市府，柯文哲要不要慰留，這是市長的權力，但也不必說成好像「無利可圖」才離開，這對優秀的文官是很嚴重的指控。