2007年因為陳水扁總統推動「公投入聯」，美國史無前例對於台灣研發飛彈所需要關鍵組件與材料進行封鎖管制，雖然讓中科院進行性能提升的飛彈進度延緩，但為顯示中科院多年來研發成果，就在2008年總統大選3月22日投票前，2月29日陳水扁觀看了九鵬基地，增程型雄二E巡弋飛彈以及代號為「W99」的雲峰中程飛彈推進器試射，結果這兩型飛彈依飛行時間與高度換算，射程均超過1000公里，對外宣示國防自主的成效。

據指出，2007年美方針對台灣研發飛彈所需要的關鍵組件與材料進行管制，其涵蓋項目相當廣，只要是飛彈可以使用的零組件，包括高精度使用在巡弋飛彈的導航定位雷射陀螺儀、飛彈內部控制電路板，連飛彈用電池與製作電池所用鐵粉都在其中；當時「雄二E」、「天弓三型防空飛彈」、「雄三超音速飛彈」的性能提升都受到波及，造成中科院在製造與維修飛彈缺料的狀況，讓中科院急得跳腳。

繞道第三國買零件　飛彈研發不至停擺

不過，美方過去也曾對台進行武器零組件的管制，因此因應大規模的管制，中科院仍然先在國內就所需要零組件進行招標，得標的廠商繞道前往日本、歐洲以及俄羅斯等地，輾轉買到相關的陀螺儀與制電路板，讓中科院研發進度不至於停止，但許多更精密的關鍵性組件無法取得，多少讓許多飛彈性能提升計劃進度延緩。

據了解，美國歐巴馬政府時期，國防部不斷向美方爭取解除限制，但都沒有回應，但隨著國內電子科技的進步，中科院也逐漸將飛彈所用的組件微量化與輕量化，讓許多零組件分別都找到代替品，但多項屬於基本材料或是高精密關鍵組件，還是要從美國採購，這次美方可望鬆綁解禁的19個項目，多屬於飛彈所需的組件與材料。