台大校長遴選案，教育部教打算以遴選過程出現重大瑕疵未補正為由，不聘任台大校長當選人管中閔。台台大遴委會回應指出，根據法務部民國100年發給教育部函釋，依「特別法優於普通法原則」公立大學校長遴選時，應回歸到遴選運作辦法，換言之，校長遴選應不受《行政程序法》約束。

對此，台大遴選委員會表示，就從法務部函釋來看，台大校長遴選應不受行政程序法約束，遴選委員會1月31日會議紀錄也提到此事，且當日的會議是在知道不受《行政程序法》約束前提下進行討論，最後才會做出管中閔當選資格無疑義的決議。所以，若要以校長遴選委員會組織及運作辦法卡管，恐怕難以有根據。

根據《上報》獨家披露，指出爭議多時的台大校長遴選案，教育部在25日召開第二次跨部會諮詢專案小組會議，教育部長吳茂昆表示，會在週五出決定，但也認為，台大校長遴選過程出現重大瑕疵卻未補正，已經違反《行政程序法》，因此，教育部不會同意此一違法的台大校長遴選結果，不會發文聘任管中閔。

對此疑義，26日台大表示，有關獨董爭議部分，台大校長遴選委員會早已有聲明釐清，並無疑義。
 

台大校長遴選委員會表示，依《大學法》第9條第3項授權訂定之國立大學校長遴選委員會組織及運作辦法第6條另設有特別之迴避規定，法務部100年7月4日法律字第1000015676 號函復教育部在案。

依照法務部解釋，校長遴選有所爭議時，「國立大學校長遴選委員會組織及運作辦法」第6條規定自應優先適用。台大表示，根據該辦法第6條規定中指出，有下列情形之一者，經遴委會確認後，解除其職務：一、因故無法參與遴選作業。二、與候選人有配偶、三親等內之血親或姻親或曾有此關係。三、有學位論文指導之師生關係。

另外，遴委會委員有前項不得擔任委員之事由而繼續擔任，或有具體事實足認其執行職務有偏頗之虞者，候選人得向遴委會舉其原因及事實，經遴委會議決後，解除委員職務。

如果就此函文所釋，檢視管中閔與遴選委員蔡明興情況，台大指出，這其中就發現兩人之間沒有「配偶、三親等內之血親或姻親或曾有此關係者」、「學位論文指導之師生關係」，而蔡明興也沒有「因故無法參與遴選作業」情事；在遴選期間也沒候選人提出具體事實足認蔡委員有偏頗之虞。(不聘「管」要台大重開會投票_