國民黨立委柯志恩25日爆料，教育部長吳茂昆2005年擔任國科會主委時，以「美國國家院士」的身分，未經過行政院同意就前往中國，「明確違法100%」。對此，吳茂昆26日出席公開活動時，面對媒體提問，全程沉默應對。

根據柯志恩披露的公文內容，行政院2005年去函國科會，針對吳茂昆2005年10月17日至23日赴上海參加國際科學理事會（ICSU）第28屆大會，以及赴杭州參加「高科技論壇高峰會」一事，行政院只同意「17日至21日」的「國際科學理事會」ICSU年會，並未同意吳茂昆參加「高科技論壇高峰會」；但吳茂昆當時仍前往杭州赴會。

柯志恩指出，依照當時的法令，政務官不能參加中國機關所舉辦的非國際組織會議或活動，吳茂昆卻無視法令和政院的公文，仍私下以美國國家院士身分前往杭州參加論壇，「明確違法100%！」

由於吳茂昆過去曾多次公開表示「若有違法就下台」，因此柯志恩批評，吳茂昆早已違法、早該下台。但柯志恩酸，「自認一生沒有做錯事的吳部長，絕對不會自己請辭下台，他早已把問題拋給賴院長，現在就問賴揆捨不捨得讓教育部長下台？」

面對柯志恩的爆料，吳茂昆26日出席「2018全國戶外教育博覽會」時，對於媒體不斷提問，他一改之前與媒體輕鬆回應互動，全程不發一語，面無表情。（蔡英文直呼「中國」）