台大校長遴選仍呈現僵局，有媒體指出，台大22日已向教育部澄清，台大遴委會及遴選過程並未違反任何現行法律規定，希望教育部「依法聘任」管中閔為校長，但教育部25日回函台大，仍要求台大重啟遴選。

教育部4月底退回管中閔的台大校長聘任案，引發巨大風波。對此台大5月13日召開臨時校務會議，決議教育部應依法盡速發聘給管中閔。但教育部仍不領情，當晚重申台大需重啟遴選程序，補正程序瑕疵。

對此，據《聯合》報導，台大22日再度向教育部反擊，強調教育部對於國立大學校長遴選僅能為「合法性審查」、不能對「人選是否適當」予以審查；人選是否適任屬遴委會權責。並表示遴委會及遴選過程，並未違反任何現行有法律規定，遴選結果並無出於錯誤事實認定或不完全資訊之瑕疵，因此仍請教育部依法聘任管中閔為台大校長。

不過報導指出，教育部25日也已經回函給台大，強調大學自治範圍僅限籌組校長遴選委員會，教育部已認定遴選程序有瑕疵，仍然堅持台大應盡速重啓遴選。

另外，社團法人台灣行政法學會26日舉行「台大校長遴選案之法律問題剖析」座談會，台大政治系教授陳淳文批評，教育部根本沒有釐清法律問題就叫台大重啟遴選，「等於沒有離婚就再結婚，法律依據在哪？」

陳淳文說，「如果台大真的重啟遴選，假設年底又選出一位校長，但是管中閔到時打官司勝利，台大校長不就鬧雙包？離婚沒成，你怎麼再結婚？」陳淳文呼籲，教育部如果有良心，就把前面的決議廢棄；而且台灣是法治國家，要把法律問題釐清，才能重啟遴選。（藍委爆吳茂昆違法）