行政院人事局長施能傑日前在立法院透露，負責政策擬議、預算規模龐大，或影響政府重大施政的三級機關，才會採取政務或常務雙軌任用制度。據了解，政院人士點名觀光局、工業局、營建署肩負政策重任、掌管預算龐大，適合政務、常務雙軌併用；但調查局、廉政署牽涉司法則不適宜。

新政府上任多會進行組織整頓、提升政府效能。馬政府時代，前行政院長江宜樺操刀組改工程，在2010年通過《行政院組織法》，將現有機關整併為14部、8會及3個獨立機關，然而直到下台前，還有交通部、環資部等6個部會組織法還躺在立法院。一名基層公務員直言，這就是馬政府推動法案，不懂得事先溝通的結果。

蔡英文政府上任後，林全即把組織工程重責大任交由施能傑操盤。人事總處目前規劃，分兩階段完成政府組織改造作業，第一階段規劃將鐵工局與鐵改局整併為鐵道局，國道新建工程局併入高公局，以及裁撤蒙藏委員會，設立化學局；第二階段組改的機關為交通部、農業部、環資部、內政部及海洋委員會等機關。政院人士說，這些機關仍然會微幅調整，但名稱不會變動。

另外重要的是，蔡英文拍板三級機關採「政務、常務雙軌制」，將大舉替政府引進外部人才。施能傑對於哪些機關改採政務保密到家，在立法院答詢時僅說，未來負責政策擬議、預算規模龐大，或影響政府重大施政的三級機關，才會採取政務或常務雙軌任用制度，並且會限制比例上限。

政院人士認為，觀光局隨著政黨輪替，兩岸政策思維不同，觀光政策必然不同，例如馬政府重視陸客來台，但新政府則著重新南向開發，適合政務常務雙軌併用。另外，工業局原本掌生產力4.0業務，但現在就要隨著新政府政策改推五大創新計劃，官員必須要精準掌握執政者思維才能擬定新政策。

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