台北農產公司經營權之爭持續延燒，也意外點燃民進黨高層的內部矛盾戰火，10月26日台北農產公司召開董事會和常董會，結果張榮味人馬意外取得過半常董席次，外界對於北市府和農委會拱手讓張派得逞，十分不解。11月上旬，民進黨團總召柯建銘在周一的「執政決策協調會議」開炮，直指黨祕書長洪耀福、及負責操盤農、漁會改選的選對會召集人陳明文不當介入北農案，才讓原本台北市長柯文哲願意配合中央的局面出現變化，導致北農經營權旁落。

對於柯建銘的指責，洪耀福在會中當場喊冤，他強調，整個北農案他只是扮演媒介的角色，讓北農兩大官股台北市長柯文哲和農委會主委曹啟鴻雙方陣營可以碰面坐下來談合作，就台北農產公司董事長和總經理人事磋商，雙方商定合作方案，北市府決定董事長人選，農委會推總經理人選，之後他就不介入雙方商討如何合作了，如今，農委會和北市府在北農案合作出現問題，怎麼可以怪到他頭上？

洪耀福、陳明文喊冤　「根本沒空管」

對此，蔡英文甚至利用周三中常會到黨中央開會的機會，和亦具有中常委身分的陳明文一談，陳明文更直言，他主要在處理明年農會改選全國的盤勢，根本不管台北農產公司的人事案。

黨內知情人士透露，實際上，柯建銘和洪耀福、陳明文的矛盾由來已久，2013年蘇貞昌擔任民進黨黨主席時，當時傳出民進黨內有大批具有黑道背景身分人士入黨，且入黨申請表格的介紹人均為柯建銘，當時柯建銘極力擺清，指其助理疏失，此案最後雷聲大雨點小，不過，事後柯建銘陣營認定，會傳出此案，甚至引發「黑道入黨」傳聞，是黨內幹部洪耀福所為，至此老柯陣營和洪耀福雙方嫌隙已生。

此次民進黨重新執政，柯建銘有意問鼎立法院長寶座，與洪耀福同視為「嘉義幫」的陳明文亦橫插一腳參選立法院長，儘管兩人雙雙遭到勸退，柯建銘擔任民進黨團總召，但陳明文打著「挺英」鮮明旗幟整合「挺英派」立委，在全代會中常委選舉中，蔡英文更大方地把中執委的選票投給了陳明文，且陳明文更是民進黨選對會召集人，是明年農、漁會改選及縣市長選舉布局的操盤手，黨內關於陳明文有意取代柯建銘，擔任黨團總召傳言始終甚囂塵上，更讓柯建銘和陳明文間互動更形冷淡。

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此次台北農產公司董事長、總經理人事案紛擾，民進黨政府和柯文哲的合作出現問題，亦意外地挑開了民進黨高層的內部矛盾。柯文哲和柯建銘兩人因同為竹中校友，私交甚篤，柯建銘在新竹市立委選戰陷入苦戰，柯文哲多次到場站台助講情義相挺，柯文哲甚至表態支持柯建銘當立法院長，也因此，當柯文哲在台北農產公司人事案和農委會合作不順利，柯文哲對農委會推派新潮流人馬蔣玉麟擔任總經理頗有意見，柯建銘亦主動幫忙，私下和柯文哲溝通，對他多所規勸。

知情人士指出，在柯建銘認知，他已說服柯文哲和農委會合作了，不料，後來柯文哲又臨時撤換北農董事長許長仁，堅持換上林秋慧擔任董事長，才讓整個北農局勢惡化，而林秋慧是洪耀福為舊識，認為北農案破局，正是洪耀福和陳明文的不當介入所致，因此在府院黨「九人小組」會議上開炮，直接向總統蔡英文告狀，也讓雙方陣營的矛盾直接檯面化。

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但實際上，知情人士說，柯文哲和北市府負責操盤的市長辦公室主任蔡壁如相識甚早，早在兩人仍在台大任職時，就和病患家屬的林秋慧認識；而林秋慧與韓國瑜的認識，則是一次林秋慧仲介廠商透過台北農產公司採購台灣芒果銷往天津而認識；至於柯文哲和隸屬張派的北農總經理韓國瑜熟識，甚至起延攬韓國瑜到北市府任職之心，更是在今年5、6月間，因為林秋慧的安排，韓國瑜才首度到台北市長辦公室和柯文哲深談，所以，林秋慧其實很早就已介入北農高層人事案，也深獲柯市府信任，甚至最後成為柯文哲屬意的續任台北農產公司董事長不二人選。

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