適逢20日為蔡英文總統就職典禮，總統府卻驚傳遭駭客入侵。對此，曾任總統府國安會專委的吳怡農在臉書談及此事，指馬政府或蔡政府都未將「資安機制」視為核心問題，並列出內部資安現存的3點結構性問題，已讓許多機密資訊遭洩露，「只是尚未公開而已」。

吳怡農16日在臉書指出，政府網路系統安全是國家是他在國安會研究的問題之一，但即使過去政府不斷倡導「資安即國安」，核心單位的資訊都未有效阻絕攻擊。直到每次發生資安事件後，就找外廠商將電腦或伺服器「清理乾淨」結案了事，從並未進一步檢視系統性的威脅，甚至提出防患於未然的措施。

吳怡農說，若蔡英文及行政院長蘇貞昌下令檢視2016年至今所有涉及政府系統的資安事件，就會發現政府的資訊網絡極為脆弱，且長期遭受境外勢力大規模、系統性的侵入。至於還有多少國家機密資訊已遭洩露，他沉痛表示，「很多只是尚未公開而已」。

吳怡農指出，前總統馬英九時期的國安會雖曾試圖檢討資安的設計及管理，經過數次會議後，又反倒變民間資通訊安全的「向外」檢討。直到蔡英文執政，雖也延續及推動相關政策，但始終沒將重點放在「存放最機密資料的機制」上。

吳怡農指出現存的3大結構性問題，首先是政府內部並沒有專責單位負責系統安全，每每出事都委託民間廠商協助「清毒」，或必要時請行政院技術服務中心協助，「但無論如何盡可能避免國安人員的涉入」。此外，各機關由非專業的副首長兼任資安官，缺乏專業背景應對狀況。

另外，政府也未對使用者建立安全規範並實施安全教育。吳怡農說，長期以來，長官只要層級夠高便可使用個人電腦工作及存放公務資料，等於越機密的資料，管理卻可能越不嚴格，從未落實使用者的「人員安全權限制度」。

最後，吳怡農指出，　政府機關各行其事，彼此之間沒有「跨部會內網」，也就是說，在「內網」撰寫的資料需透過「外網」來傳遞給其他部會，通訊也過度仰賴Line、Telegram等軟體，徒增資料外流的風險，而且也無法追蹤或事後分析。（19日起全台梅雨）