本土疫情自5月中大爆發，外界將中央放寬機組員檢疫「3+11」視為破口之一。指揮中心專家諮詢小組委員、感染科醫師李秉穎日前爆出「專家會議從來沒討論過3+11」，間接打臉指揮官陳時中說法。對此，陳時中7日表示，1年多來開過很多會，沒辦法一件件去講，「整體我會負最後的責任。」

李秉穎日前在政論節目爆出，專家小組會議從來沒有討論過3+11，他也從來沒有參與過這項討論，應是指揮中心自己的會議。他還指「千萬不能減少隔離期」，英國變種病毒就是縮短隔離期才進來的。此話一出，令外界質疑陳時中說謊，故意拉專家會議背書。

對此，陳時中7日表示，有機會可以好好跟大家說明，整體而言，那是一個行政程序，原本機組員檢疫就是3+11，後來因過年專案、機師染疫等因素，一度升級加嚴，雖然機師沒有什麼特別的罪過，沒有一定要怎麼規定，但當時在想外站管理是否未落實，就先把規定加嚴。

他進一步說，之後指揮中心對外站管理訂定相當規則，也監督航空公司是否落實，又經大規模的PCR檢驗陰性，考量公司管理已經上軌道，才逐步放鬆，但整體而言，還是比本來的規定更嚴格，要3採陰才進入11天的自主健康管理期。

陳時中強調，從今年1月1日機組員檢疫規定加嚴，到3月多第一步放鬆，4月中第2步放鬆，過程都經過檢核程序。那段時間機組員非常辛苦，貨運也因此造成阻礙，「我們只是回到3+11，過去1年都是這樣做，而且後來是採取3採陰的3+11。」

針對外界質疑說謊，陳時中直言，他會負最後的責任，要他一件件會議去講，實在沒辦法，這1年他開過很多會議，決定的事情非常多，但是這程序只是在行政管理落實的情況下，回復原來的管理方式。