前總統馬英九27日受訪時表示，當初下令和平醫院要封院，有事先告知當時的行政院副院長林信義；對此，立法院長游錫堃27日晚上也在臉書批評，「馬前總統，你又說錯話！」並貼出林信義的來信，內容澄清林信義對馬英九封院的決定，事前完全不知情。

此爭議開端，是游錫堃26日談及2003年和平醫院要封院之前，時任台北市長馬英九並沒有向他報告，他完全不知道，批「馬英九先生講話要憑良心」；馬英九基金會也透過聲明，反批「游錫堃院長是當假的嗎？18年後還說不知道，是承認自己在狀況外嗎？」

馬英九27日受訪時表示，當時衛生署有給台北市政府特急件，要市府立即封院，在此時市府做了準備，參加林信義主持的會議，前衛生署長涂醒哲也出席；會中達成共識後，並在行政院舉行記者會對外說明。

對此，游錫堃27日晚上則在臉書放上林信義的信函，內容提到，關於和平醫院封院一事，根據公視紀錄片《和平風暴》，馬英九受訪時親口表示，在決定要全面管制人員進出後，才接到時任行政院秘書長劉世芳來電表示「林信義要召開相關會議」，馬英九才派時任台北市副市長歐晉德及前台北市衛生局長邱淑媞參加，並提報「封院」的決定。

林信義表示，在邀請歐晉德、邱淑媞召開會議前，從未接獲台北市政府的任何書面、電話、口頭告知，提出封院的是馬英九。針對近日媒體報導，馬辦表示「有事先告知林副院長」一事，與事實完全不符，若事先得知一定會立刻向游錫堃報告。並請游錫堃協助說明。

游錫堃貼出該信件內容後，除了再次重申「林信義未接獲台北市政府的告知」、「提出封院的是馬英九」，還怒批「馬前總統，你又說錯話！」（警政署中高階警官職務變更）