陽明交大合校後與清華大學首場「辛丑梅竹賽」5日下午舉辦開幕式，但爆發清大棒球隊延賽不成、陽明交大羽球隊雙重學籍學生參賽等爭議，使得清大8個校隊宣布退賽，開幕式5日當天，下午清大師長們更拒絕參加，連新竹市副市長沈慧虹也取消出席，使得整個開幕式只留陽明交大校長林奇宏，站在清大校長位置代為敲鑼，這也是梅竹賽史上頭一遭窘況。

清華大學（清大）與陽明交通大學（陽明交大）今年恢復舉辦辛丑梅竹賽，卻因有多項爭議尚未解決，使清大棒球隊和羽球隊帶頭退賽，隨後另外8個校隊也發表退賽聲明，以行動聲援棒球隊及羽球隊伍。4日晚間清大臉書發表聲明，表達對兩校隊決定退賽的尊重與支持；5日清大師長全數缺席的開幕式，以行動支持學生球隊退賽決定。

此外，辛丑梅竹清華諮議委員也透過聲明表示，陽交大未能利用主辦優勢創造公平競爭環境，有違清華人對於梅竹賽的價值認同，認同並支持各校隊的響應與棄賽決定，以捍衛梅竹賽的精神與宗旨。

清大4日晚上1點時許在臉書上發表文章，表達對清大棒球隊及羽球隊退賽決定的尊重與支持，而且清大師長考慮將不出席5日在陽明交大舉行的開幕式。文章中更指出，比起形式上的勝負，内心的價值更值得珍視，此次梅竹賽是一項重要的教育洗禮，教導校方及學生在痛苦的選擇中學會孰輕孰重，認為該兩校隊皆作出艱難而了不起的選擇。

清大表示，今年計點正式賽有十項，清華各校隊從前天開始，已有八項校隊陸續發聲明，宣布退出比賽，包括網球，羽球，桌球，網球，女排，男排，女籃，男籃，八項球賽均決定不出賽。

清大的文章中清楚指出兩校校隊未解的爭議，包含：清大棒球隊為求全力衝刺大專盃，以最大誠意與陽明交大協議延賽，卻無法達成任何共識，故棒球隊決定以全校最大榮譽為重，集中火力衝刺大專盃，並退出梅竹賽；羽球隊質疑陽明交大登錄的其中兩名選手有國防大學身份，違反大專盃規則和常識，決定退賽。

此外，清大桌球隊、網球隊、男女排球及男女籃球隊，隨後皆陸續發表退賽聲明，以行動聲援棒球隊及羽球隊。

對於多個清大球隊退賽，陽明交大校長林奇宏表示，清大校長賀陳弘有事先向他表達，將不會出席開幕式的決定，而他尊重他的決定。但為使梅竹賽順利舉行，5日的開幕式中，他是代表清大方參與開幕式的敲鑼，同時表達希望兩校球隊仍能參與賽事，使難得的梅竹賽能完美落幕。

林奇宏指出，清大與陽明交大的梅竹賽是傳統，過去皆由學生主導，對於今年發生這樣的爭議事件，他個人感到遺憾，但他也了解人生難以事事圓滿，寄望兩校學生在此過程中學習，亦歡迎清大在未來的比賽中能出賽，使兩校球隊再度在球場上切磋球技。

辛丑梅竹賽總召林建丞強調，兩校尚在努力溝通協商中，所有的場地都已備妥，未來的比賽仍盼兩隊能參與，同時已有幾個折衷方案，如採友誼賽方式比賽，將持續努力溝通協商，讓兩校球隊及師生期待已久的梅竹賽能順利進行。

5日的開幕式為辛丑梅竹賽開賽以來，首次僅有一方學校出席開幕式，故由陽明交大校長林奇宏代表清大，與陽明交大校務長李大嵩代表陽明交大開鑼，使開幕式順利舉辦。（民進黨團封殺藻礁保護區提案）