「珍愛藻礁公投」連署突破50萬份，在蔡英文總統強化溝通的指令下，指派民進黨立委洪申翰、民進黨副祕書長林飛帆出面與社團溝通。對此，洪申翰5日表示，自己跟民間團體或年輕朋友的互動與相互支援，其實是很長期的合作關係，不是一個短期的指派或是溝通的刻意要求。

大潭藻礁議題是近期民眾的關注焦點，民進黨為加強與民間團體溝通說明，指派長期關注環保議題的洪申翰，以及年輕世代之一的林飛帆，出面向相關團體說明互動，說明政府對於三接開發案的規畫。

洪申翰5日表示，自己跟民間團體或年輕朋友的互動與相互支援，是很長期的合作關係，不是一個短期的指派或是溝通的刻意要求，這是需要先說明的。

對於外界質疑，此舉是要向環保團體「摸頭」，洪申翰表示，有些人會把溝通想像成「摸頭」，但摸頭對民間團體是很難有效的，所以自己也沒聽過有誰想要摸頭；此外，洪申翰指出，近期確實有很多不同立場的朋友來找他，他也花蠻多時間去了解大家不同的處境、看法和焦慮，目前各方都還在思考，連署成功後的下一步該怎麼走。

洪申翰強調，藻礁議題目前會走進公投，還會有更多公共討論，很明顯這不是是非善惡對立的問題，很多民間朋友和專家也已經指出，現在不同的方案主張都有環境價值跟需求。

洪申翰強調，此時需要的是更多資訊的釐清、理解與對話機會，「至於某些政黨、勢力或少數媒體想要藉機操作對立，真的可以省省力氣。」

此外，也在臉書提出藻礁公投看法，洪認為，藻礁爭議表層是「保育v.s開發」，但其實深層是「環保v.s環保」兩難下的權衡。（民進黨團封殺藻礁保護區提案）