台鐵太魯閣號翻車意外進入第3天，罹難者遺體殘骸經DNA比對後，死亡人數下修至48人；目前現場搶通作業持續中，卡在清水隧道口的第3車廂清晨已拖離隧道，由於第6車廂底還壓有罹難者，目前現場油壓設備不足移動15噸以上重物，故救難隊評估，將待4、5節車廂拖離後，再找方式將罹難者運出。

目前事故現場軌道重建及枕木搭設陸續完成，現408次太魯閣號的第1、2、3節車廂已拖離現場，台鐵機務搶修隊今預計依既定工程進度，再拖出第4、5、6車廂後，由救難隊進入隧道，協助將還壓在第6車廂下的遺體運出。

台鐵預計4月6日前拖離所有事故車廂後，進行為期1天的軌道修復，隔日再修復電車線及導電軌，趕在4月8日晚上12點前搶通東正線。

花蓮地檢署檢察長俞秀端4日受訪表示，目前罹難者人數為48位，確認身分並經家屬指認的罹難者有40人；針對罹難人數從51下修至48人，俞秀端指出，經採集DNA比對後，「有不同殘骸是屬於同一人，所以罹難者人數大約就在48位上下。」

俞秀端表示，截至4日上午已收到20份鑑定報告，目前由法醫研究所進行身分核對，3日現場搜救工作持續到凌晨2點，第6節車廂下面的遺體和第4節車廂的殘骸，仍無法運出來。

目前檢察官開始進行調查，3日法院裁定義祥工業社負責人李義祥交保，檢察官也立即提出抗告，在李義祥離開地檢署，檢方已聯繫花蓮縣刑大進行防逃機制，24小時監控預防被告有逃亡機會。