台電公司貯放在蘭嶼的低階核廢料未遷移，遭原能會第一波開罰後，隔年以未訂明確計畫時程加重開罰3000萬元。台電不服提起行政訴訟，法院審理後認定原能會開罰違法，判決台電勝訴免罰。

為了將蘭嶼核廢料遷移，台電將台東南田山區定為核廢料處置候選場址，同時設溝通小組，負責各項溝通事宜，希望能推動地方公投。但地方居民和環保團體反對台電的計畫，也拒絕辦理公投，雙方的溝通陷入僵局。

原能會認為台電並未完成蘭嶼低階核廢料遷移，先於2016年8月依《低放射性廢棄物最終處置設施場址設置條例》，罰台電1000萬元。2017年11月又因違規情況仍在，認為台電是故意怠惰不作為，再重罰3000萬元。台電不服原能會的處分提起訴願，遭到駁回後又提行政訴訟。

台電主張，當初建議候選場址已公告，經濟部也已函請候選場址的台東縣與金門縣政府辦理公民投票，但兩個地方政府拒絕配合辦理公民投票，並不能因此認定是台電的不作為所致。台電另指出，為因應經濟部101年推動的國營事業改造計畫，經濟部同意後，於104年間解編台東區處溝通小組，並將其回歸至核後端處，並無違法，且在回歸後，台東縣對設置最終處置場的支持度明顯較高。

原能會抗辯表示，台電擅自解編台東區處溝通小組、未配置處置計畫規劃之足額人力辦理公眾溝通、督導會報從103年1月起已逾3年未召開等行為，已違反《物管法》規定，且原能會多次要求，台電仍未訂定具體明確的計畫時程提送核定，所以才加重開罰。

台北高等行政法院審理後認定，根據《物管法》規定，最終處置計畫和計畫時程的修正，應由台電自行決定，只要報經主管機關核定就能執行，原能會的加重處罰違反不當聯結，構成裁量濫用，撤銷3000萬元的處分，判台電勝訴。