食藥署9日遭立委林奕華爆料指出，食藥署以衛生單位第一線防疫人員之名，將「疫苗生產及疫苗倉儲物流人員」共2335人，列入第2類特權疫苗施打名單中。對此國民黨立委賴士葆批評食藥署長吳秀梅，「凡與吳秀梅有關的員工都被雨露均霑，太幸福了。」並表示吳秀梅，應率食藥署與相關員工只打高端疫苗自清。

賴士葆表示，吳秀梅爆料後，仍將「疫苗生產及疫苗倉儲物流人員」總計2335人，列入第2類優先特權的疫苗施打名單當中，「並且拒絕提供相關的資料和數據給立委」。

賴士葆表示，疾管署說這些名單都是ACIP專家會議討論同意，陳時中說第二類施打名單個資不能公布。賴士葆對此批評，因為不能見人，被保護也見不得人，難怪第二類施打人數已經爆增膨脹一倍以上，當一切黑箱作業，所有的資格認定他們說了算。

賴士葆指出，吳秀梅不肯公布審查委員名單、放任高端沒有經第3期試驗就通過EUA與不在乎外界對她有「高端代言人」的看法，賴士葆呼籲吳秀梅，「最該做的就是，率領食藥署所屬員工，與食藥署有直接、間接連結的幾千名員工只打高端，來證明她心心念念所呵護的高端疫苗值得信賴」。

面對黑箱爭議，疫情指揮中心指揮官陳時中防疫記者會上解釋，第2類人員當中的「疫苗生產及疫苗倉儲物流人員」，是疾管署根據疫苗運輸、冷鏈等需要，認為有生產或物流上的必要性，請廠商造冊施打，其中負責疫苗生產共4家廠商，倉儲物流3家廠商，共施打2614人。