研究顯示，混打疫苗的「不良反應」高於單一品牌接種，中央流行疫情指揮中心遂於28日公告，「暫時不開放已經懷孕的孕婦混打疫苗」，至於未來是否開放孕婦混打BNT，指揮中心發言人莊人祥則31日表示，會再討論。

這個話題在7月中旬時，婦產科傳出有女性接種完AZ疫苗後才發現自己懷孕，要求醫院第2劑混打莫德納疫苗就有被討論過，雖然孕婦可以打莫德納疫苗，但當時對於混打並無相關規範，且國外也無孕婦混打的相關試驗，指揮中心指揮官陳時中當時表示，將由專家討論。

依據其他疫苗交替使用的臨床試驗初步結果發現，第1劑接種AZ疫苗，第2劑接種mRNA疫苗的不良反應發生機率及嚴重度，較兩劑接種同一廠牌高。

因此指揮中心公告，第2疫苗應與第1疫苗同一廠牌，以避免混打引起副作用時對母體或胎兒可能造成影響。

指揮中心對此補充，後續孕婦接種完第1劑後若發生嚴重不良反應，可提供就醫診斷書或衛生單位通知具嚴重不良事件通知或紀錄，經醫師評估後可擇適合廠牌完成第二劑疫苗接種。

莊人祥強調，莫德納疫苗目前僅開放第一類對象，即醫護工作人員混打，孕婦尚未開放，未來若隨著BNT疫苗開放混打，是否擴及適用到孕婦，會再討論。