前往太平島護漁的船隊31日上午返航，雖然是為宣示太平島主權而自發的護漁行動，但包括使用特許的活魚運搬船，及3名領有船員手冊的鳳凰衛視記者上船隨行採訪等，違反《漁業法》事實明確，農委會漁業署確定將依照《漁業法》將人、船分別開罰，船員最重每人可罰15萬元，「海吉利號」最重可廢止活魚運搬船執照，而藍委賴士葆則於1日表示力挺護漁行動，甚至可號召群眾替漁民付罰款。

國民黨則於1日召開記者會，其中賴士葆指出，「漁民護土無罪，捍衛主權是光榮的，政府請停止一切打壓行為」。而總統蔡英文更應該親自接見漁民，頒發勳章給他們，以搶救低迷的民調。

賴士葆表示，新政府在太平島事件所表現的是對外軟弱無能，惟美國馬首是瞻，對內打壓自己的漁民給美國人看，對美國百依百順，若赴太平島的漁民被罰錢，國民黨要號召全國人民一人一元替漁民付錢，若是提告，也願意提供最好的律師幫漁民打官司。

親民黨也曾於31日晚間透過新聞稿表示反對漁業署開罰，並指出此舉根本是「恐嚇護漁，放棄主權」，漁業署開罰漁民，目的就是恐嚇其他漁民不得前往護漁或宣示主權，骨子裡就是要放棄太平島主權。

農委會漁業署長陳添壽則表示，漁業署自始至終都支持漁民自發性護漁行動，且最好的方式就是「直接到太平島附近作業捕魚」，但相關的法令規範漁民仍需要遵守，否則未來將難以管理、維護漁業單位的作業秩序。

陳添壽表示，3名鳳凰衛視記者領有船員手冊登船，事後才知實質上是記者隨行採訪，漁業署追究其船員手冊的效期和出海紀錄，只有一人曾有一天出海紀錄，不符合領有船員手冊的船員每年出海90天的規範。

其次，根據《漁業法》與《就業服務法》的規定，漁民受雇於「海吉利號」活魚運搬船，漁船出港時，手冊上應登載後才可出港；但過去因為船員也常因為緊急病痛，出現船員無法出海，而船東需緊急找其他船員頂替的狀況，因此也會給船員方便，可回程補登記，而3名鳳凰衛視的記者，便是利用此漏洞登船採訪。

陳添壽表示，「海吉利號」活魚運搬船，屬於政府特許的活魚運搬行業，依法僅能點對點往來台灣10個、大陸23個漁港運搬石斑魚，而本次太平島護漁違規事實明確，漁業署必須與法制單位詳細研究，並呈報農委會後，才能判定是否廢止活魚運搬船執照，最快兩周內會有結果。（李先泰／綜合報導）