國防部28日表示，因應「尼莎颱風」對台灣可能造成的影響，國防部及各軍司令部已提早進行防災軍力部署。部長馮世寬也於下午親自視導國防部災害應變中心，要求各作戰區須即時掌握災情狀況，並主動協調地方政府執行各項災害防救任務

國軍為強化東部、南部地區的災害防救能量。海軍司令部於台南官田、屏東林邊、枋山、高雄旗山及蘇澳部署救災人車；陸軍方面，第四作戰區也部署人車前進台南、高雄、屏東等地，可隨時配合各地方災防需求，派遣兵力支援。

海軍司令部28日下午分別於官田營區預置AAV-7兩棲突擊車2輛、橡皮艇2艘、膠舟6艘、抽水機5部及防災官兵33員

屏東林邊鄉公所預置膠舟3艘、抽水機5部及防災官兵12員；屏東佳冬鄉公所預置膠舟3艘、抽水機5部及防災官兵12員；屏東枋山防訓中心預置AAV-7兩棲突擊車2輛、橡皮艇2艘及防災官兵15員；屏東恆春消防隊預置AAV-7兩棲突擊車2輛、橡皮艇2艘及防災官兵22員)；高雄旗山嵩山營區則預置15員海軍陸戰隊特勤隊官兵。

此外，為強化宜蘭地區災害防救能量，海軍陸戰隊訂28日下午在蘇澳鎮公所，預置AAV-7兩棲突擊車2輛、膠舟2艘，

至於陸軍方面，第四作戰區表示，所屬聯絡官已前進台南、高雄、屏東等地的鄉鎮區公所，密切掌握各地區雨勢及可能肇生之災情，作戰區並已完成3492人，車輛機具7類425輛（部）整備，可隨時配合各地方災防需求，派遣兵力支援。