一架空勤總隊黑鷹直升機5日深夜於蘭嶼起飛3分鐘後失聯，根據當時氣象資料顯示，黑鷹直升機失蹤時，蘭嶼風勢相當強勁，平均風力7級、陣風12級，幾乎達輕颱等級。

氣象局預報員指出，當時對於從往西飛回台東黑鷹直升機來說，側風可以說是相當強勁。飛安會6日已派6人前往台東，首要任務為配合搜救，協助蒐集雷達資料以確認直升機位置。

對於失聯的原因，內政部長葉俊榮6日一早曾表示，天氣應該不是問題，能見度都還有5000公尺。但蘭嶼機場飛機起降處常有不穩定氣流，根據氣象局觀測資料顯示，5日晚間11點左右，蘭嶼山上平均風力達7級、陣風12級，相當於輕度颱風的風力，讓人難以輕忽。

雖然海面上風力雖然會比山上小一點，但也接近輕颱等級，據《自由》報導，氣象局預報員程川芳表示，加上失聯當時，蘭嶼風向偏北北東風，對於從蘭嶼往西飛回台東的方向來說，側風可以說是相當強勁。不過，空勤台東分隊長祝世全6日受訪時強調，當時蘭嶼天候符合黑鷹出勤安全標準。

飛安會6日一早也派出6人前往台東，飛安會執行長王興中表示，事發後已組成專案調查小組，主要任務為協助蒐集雷達判讀資料並定位，找出直升機確切位置。他強調，首要任務仍為搜救。

目前海巡署與空軍台東志航基地及空勤總對台東分隊皆派出艦艇與直升機全力搜救中。（機工長曾隨退役直升機回成大）