行政院於3月31日正式公布提名前監委黃煌雄為促轉會主委，消息公布後卻引發外界爭議。黃國昌2日在個人臉書發文稱，黃煌雄過去曾撰文稱讚前總統馬英九，「求官」獲得監委一職。對此，總統府副秘書長姚人多下午發文表示，自己不反對用最嚴格的標準來檢驗黃煌雄，但若是撰文就是求官，自己則持保留態度。姚人多並暗諷黃國昌「看一個政治人物要看一生，就像我不會因為某人在學運期間偷跑去密會總統府副秘書長喬事情，就全盤否定他這個人。」

自黃煌雄確定獲行政院提名為促轉會主委以來，外界質疑其是否適任的聲浪不斷。台大歷史系教授陳翠蓮日前才在個人臉書發文，批評黃煌雄「消費蔣渭水、利用台灣史，出賣集體尊嚴換取個人官位」輔大歷史系教授陳君愷也投書《上報》，認為黃煌雄的基本素質與認知皆和轉型正義原則相悖。

此外，時代力量立委黃國昌繼3月28日在臉書發布貼文，抨擊黃煌雄根本是罹患官癌後，2日又再度發文，批評黃煌雄之所以能夠被提名為促進轉型正義委員會主委，是因他「超越藍綠之永遠抱對大腿、永遠拍對當權者的馬屁。」

黃國昌表示，2008年3月24日，黃煌雄在馬英九勝選後，發表了一篇名為《魔咒已破，鞏固台灣民主》的投書稱讚馬英九。其後，黃煌雄便在同年8月因馬英九提名，再度出任監察委員。而在黃煌雄擔任監委期間，令人印象最深刻的表現，就是包庇違法濫權的黃世銘。

黃國昌指出，到了2016年1月18日，蔡英文勝選後兩天，黃煌雄發表了《執政失靈與思想準備》，細數蔡英文成功的理由與未來的挑戰，並在文中盛讚「具有『堅韌』與『理性』稟賦的蔡英文將可順利主導全局，承擔重任。」

黃國昌說，現在黃煌雄再獲青睞，被提名促進轉型正義委員會主委，質疑原來所謂的「超越藍綠」，就是永遠拍對當權者的馬屁。

對此，負責處理轉型正義事宜的總統府副秘書長姚人多下午也在個人臉書發文，反駁黃國昌的說法。

姚人多說，黃煌雄的文章寫在2008年3月24日，也就是馬英九剛當選總統的兩天後。文章的重點有四個：探討陳水扁政府執政失靈的原因；馬英九勝選的原因；馬英九當選總統的意義；並認為雖然在台灣民主化的發展過程中，馬英九是缺席的，但馬英九有機會，更有責任「強化台灣的民主鞏固」。

姚人多質疑，黃煌雄在文章中檢討阿扁，期許新當選的台灣總統要記得鞏固台灣的民主。「坦白說看不出來這篇文章錯在哪裡」而馬英九後來種種令人無法忍受的表現，全台灣則早有公評。

姚人多表示，自己不反對用最嚴格的標準來檢驗黃煌雄，但如果斷章取義的硬是要說黃煌雄撰文是為了求官，自己則非常保留。並指如果這種解讀方式成立，那黃國昌在2016年前曾經對蔡英文的肯定，是不是也可以解讀成是在為參選立委鋪路？

姚人多說，黃煌雄最後的確有當上馬政府時期的監察委員，而「這位解讀者」也有因為民進黨的禮讓當選立法委員，但自己並不會認為他們兩個人都在求官。姚人多強調，看一個政治人物要看人家一生，「就像是我不會因為某人在學運期間偷偷跑去密會總統府副秘書長（蕭旭岑）喬事情，就全盤否定他這個人一樣。」

對於姚人多的說法，黃國昌則是隨即在該則貼文下方回應，要求姚人多具體點名自己當初去喬什麼事情。黃國昌表示，所有經過當初都已經說明，就是要馬英九撤回服貿，李雪莉可以作證。「別人這樣污衊，我可以忍。你這樣影射，恕難茍同。」

黃國昌更進一步地說，當初選舉時已經明白當著蔡英文的面，請她讓民進黨同志出來選。「她的回應是絕不可能讓沈選。要我承擔又說是禮讓，我已經忍很久了。」（黃煌雄稱有信心兩年內做好工作）