教育部長吳茂昆向行政院請辭獲准，但在任期間爭議不斷，案件纏身。其中，台北地檢署就掌握3件吳茂昆違法案件，其中包含：吳茂昆違法赴中擔任中科院顧問、侵占東華大學綬草專利權、詐領東華講座獎助金及薪資共804萬元，檢方表示，相關案件陸續傳喚多名證人到案說明，近日也將傳喚吳茂坤說明並釐清案情。

吳茂昆不僅創下最短命教育部長的紀錄，上任當天，東華大學教授王純娟甚至還到北檢按鈴控告他涉嫌貪汙。

另外，根據國民黨郝龍斌發言人游淑慧、馬辦發言人徐巧芯等人爆料，當時指出吳茂昆曾違法擔任大陸國務院下的中科院顧問，並涉嫌違反兩岸人民關係條例第33條「違法擔任大陸地區行政機關職務」，於4月至北檢告發。

此外，吳茂昆除曾赴中國多所大學擔任講座兼課、列名中國國務院下中科院顧問及中國研究軍用稀有金屬的西部超導公司技術顧問等爭議外，吳茂昆甚至在2015年擔任東華大學校長期間，還拿該校綬草研究專利前往美國加州設立師沛恩（Spiranthes Biotech, LLC）公司，藍委質疑，吳茂昆不僅違反《公務員服務法》不得兼職、經營事業等規定，更涉嫌侵犯東華大學專利權。全案也由監察院及檢調單位調查。

據了解，北檢針對吳茂昆3件違法案件，分別已指派3名專案檢察官蒐證，並由3名承辦檢察官分別向陸委會、東華大學等單位調閱資料，並以證人身分傳喚「綬草萃取物及藥物應用相關應用」發明人之一、東華生命科學系暨生物技術研究所教授翁慶豐，及東華現任研發長翁若敏，釐清吳茂昆是否實質參與綬草研究，訊後2人請回。

檢方偵查此案，釐清綬草研究專利在2015年12月技轉給麗台科技，也傳喚麗台科技董事長盧崑山了解當初技轉過程，盧崑山經訊後也已請回。

至於，東華大學教授王純娟到北檢按鈴控告發吳茂昆在東華大學校長期間，涉觸犯《貪汙治罪條例》。王純娟還指出，吳茂昆在專任校長任內兼任講座教授及物理系專任教授，違反國立大學校長不得兼任專任教是身分，且3年內詐領「講座獎助金」及「特殊優秀人才彈性薪資」款項高達804萬元。北檢表示，此案也已指派檢肅黑金專股檢察官調查，調閱相關資料查證。（吳茂昆撐得比預期久...）