曾在今年6月在台北車站向台北市長柯文哲丟鞋的獨派人士台灣國辦公室主任陳竣涵，29日上午與柯文哲搭乘同一班公車，手持一本「柯文哲大哉問」，要求柯回答世大運是誰下令沒收台灣旗？且質疑他向中國靠攏。期間柯並沒有回答所有問題，並向陳說「我能不能不要回答你？你這是騷擾」，不過陳的問題尖銳，問到最後柯文哲也稍微動怒。

稍後他參加活動完接受媒體聯訪，被問到上午是否真的很生氣？柯說，「我最不滿的是政經看民視那件事情」，再度為自己叫屈，指世大運閉幕的場內是國安局管的，不是他管的，「你們那個政經，假的啊！」但卻還是在媒體打了一個月，「我就很火大」，柯還說，如果是場內的是要去問國安局，「不要問我。」

對於台灣國人士的行徑，柯文哲說，人民有表達自由的權利，但不要去騷擾別人，「容忍是自由的基礎，但自由以不侵犯他人的自由為範圍」，認為這種文化還是要在台灣建立，他還說，「如果台北市長走在馬路上都開始不安全了，那一般的小老百姓怎麼辦？」

不過近期他因為搭公車上班引出許多事件，是否考慮之後不搭公車了？柯說，警察局大概不會再讓他搭公車了，並表示以前是「我上公車後他們就不管」，但現在他們在半路跳上來，「警方說這樣沒辦法維安」，指警察局維安大概會有新的規範。

除了今天的「公車大哉問」外，日前他在搭車時也遭東奧正名工作人員羅宜上前要求連署，事後柯文哲受訪時還怒斥對方是「用暴力、脅迫或叫囂的方式，要求人家表達」，看似近期常因獨派人士的行為動怒，對此，柯則再次強調，人民有表達政治意見的權利，但也有不表達政治意見的權利，直說，「我想是一樣嘛！就不要侵犯他人。」

另根據台灣國的影片，陳峻涵一開頭說，今天是世大運閉幕一周年，有些問題大家問了一年，但市長卻都還不回答，要求柯回答當初是誰下令沒收台灣旗？柯則回應，「世大運圍牆裡面是歸國安局管的。」陳峻涵說，但他們在在警察局被警察沒收，那就是柯的權責，「如果不是你下令，請你說清楚。」柯說，「我能不能不要回答你？你這樣是騷擾。」

不過陳峻涵不為所動，表示「沒關係你就照規定辦」，並接著詢問多個問題，包括「你說蔡英文在世大運能上台是因為你，你到底答應中國什麼換來蔡英文上台？如果沒有，就是你在唬爛」、「講稿裡的兩岸一家親是中國的哪位高官要你加上去的？」「公投盟帳篷是不是中國叫你拆的？」「白狼去頒市長獎跟你有關係嗎？」等等。

陳峻涵也問柯，為什麼市長還沒做完，就想著要「柯宋配」競爭總統大位？柯文哲否認，還回說「新聞如果可以聽，狗屎也可以吃。」最後陳峻涵則拿出一面台灣旗，要求柯文哲在上面簽名，證明他對台灣旗沒有偏見，還邀請他參加9月8日台灣國在凱道的升旗典禮，不過最後柯文哲並未簽名，