空軍新式高級教練機在「國機國造」指導下，國防部與中科院是卯足全力啟動來配合，中科院除了增設第4副院長馬萬鈞來統籌外，院長張冠群指示研發高教機的飛控、導航與引擎三大系統，據指出，中科院啟動國機國造並未先報請董事會討論；再者，國防部以及軍備局都未有明確公文，白紙黑字指示要中科院擔任國機國造的主合約商，僅憑口頭指示就可以進行國機國造事宜，中科院恐有違反建案程序之虞。

2014年1月29日，《國家中山科學研究院設置條例》制定公布；4月16日，中科院改制為行政法人機構，並更名為「國家中山科學研究院」，董事長由國防部長兼任，實際負責人為中科院院長，但有重大的投資與研發事項，都是要先報請董事會討論，並報請國防部軍備局核定後執行。

以潛艦國造和海軍劍龍級潛艦的性能提升案為例，光是海軍這5年內，就為了潛艦國建造與性能提升案舉行超過3次，依設計、系統與建造等進行可行性評估研討會，並邀請國際廠商參與、聽取各方意見，且經過國防部與中科院全程參與，還有明確的公文指示，才讓海軍劍龍級潛艦的性能提升案委由中科院為主合約商。

之後，再由中科院出面邀請洛馬與雷神公司進行競標，經評選由洛馬公司獲得性能提升案，中科院未來負責監造工作，並學習觀摩其技術；在此一架構下，潛艦國造也是待潛艦合約設計案完成後，由中科院出面擔任主合約商來進行。

軍方人士指出，海軍潛艦工程的進行是在軍種、國防部與中科院都有共識下進行，但空軍高教機卻是在空軍已完成所有的建案程序後，準備編列編算執行前，因新政府的國防政策指導，必須「國機國造」，在空軍堅持無論是何種高教機都要符合空軍要求的規格，也就是飛機製造商得標後，依合約在6年內要完成66架高教機的交機。

據指出，國防部也是以政策指導，用口頭指示方式委由中科院擔任空軍高教機的主合約商，並不是由空軍與中科院一起來進行，再加上國機國造的方案，中科院至今並未在董事會上提出報告與討論，而且9月9日國防部長馮世寛首次至中科院聽取簡報並視導各項業務時，也未在對內的公開場合上，對中科院擔任國機國造的主合約商不但隻字未提，根本沒有任何的指導。

據了解，參與國機國造論壇的前經濟部長何美玥，因了解國內工業的實力，在論壇中就質疑國內有能力進行國機國造，而不是國機洋造或是國際合造，並建議要說明國機國造的自製比例，而不是籠統說國機國造就是國防自主。在國防部一頭熱要啟動國機國造下，中科院未向董事會報告與討論，就進行相關研發指示，這不但有違建案程序，更有藐視董事會之嫌。

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