自2013年開始推動馬習會，馬英九總統為確保消息不走漏，不但在籌備期未曾讓副總統吳敦義參與決策、要求會議在官邸祕密進行，更下令討論過程不得留會議紀錄。據參與的官員透露，馬習會後，當時的在野黨及媒體一再追究馬習會決策過程，但除了陸委會預擬的規劃方案和馬習會的現場錄音外，總統府內所保留的決策過程資料，「留下的文件只有幾張簽到單而已」。

與會全無正式會議紀錄

馬英九視馬習會為個人從政生涯巔峰，為確保目標達成，在籌備階段對保密做到滴水不漏。在前期的「傳話」階段，均由前亞太基金會董事長趙春山穿梭，單線回報總統府副祕書長蕭旭岑；國安會內負責兩岸政策研擬的諮詢委員邱坤玄完全被繞過，陸委會等相關部會完全不知情。

而做為馬英九的副手，吳敦義在馬習會籌備前期根本毫不知情，直到最後階段才參與會議。當時吳敦義雖然預見馬習會可能政治風險及衝擊，試圖提出較安全的方案，但已無法影響馬英九的決定和會談內容，吳敦義的參與已剩下「被告知」及「背書」的意義。

在討論過程中，為避免在總統府內行動為旁人察覺，馬英九要求六人小組移到官邸開會；由於不屬於府內的正式會議，馬英九更要求與會者不得留下正式會議紀錄。

決策相關文件只剩簽到單

據參與的官員透露，到了具體籌備階段，陸委會為確保方案準確及機關檔案完整，特別保留了陸委會正式提交給國安會的研究案，以及馬習會當時雙方領導人的談話錄音和逐字稿。然而當有關單位希望統整馬習會決策過程檔案時，卻發現總統府所提出的馬習會文件只有陸委會事後說帖、媒體報導等紀要性質的資料；決策過程相關文件，只有幾張與會者的簽到單而已，連會議名稱都包裝得看不出是與馬習會有關。

不僅籌備過程極為神祕，馬英九最終在馬習會上引發爭議的「一個中國原則」談話，究竟是何時出現在講稿中，也成為馬習會參與者心中共同的迷團。據參與者透露，在馬習會前兩個多小時開完的最後一次會議定下的講稿，仍是幕僚建議的「只提九二共識、不談一個中國」版本；直到坐上會議桌，陸委會及國安會幕僚手上的講稿仍然沒有「一個中國原則」；「到底是誰在什麼時候在稿子上加進那句話，到現在沒有人知道」。