台塑石化公司不滿雲林縣政府要求補繳麥寮三廠、麥寮一廠空汙費5億餘元，向環保署提起訴願被駁回，繳費後遂提起行政訴訟。台中高等分院12日判雲林縣政府敗訴，須返還台塑石化已繳納的5億3175萬元費用。

雲林縣政府以台塑石化麥寮一廠3座排放管道及麥寮三廠5座排放管道監測設施軟體記錄檔產生程式異動，導致該廠監測數據不符合「監測設施監測數據之計算處理規範」規定，認為不可以作為空氣污染物排放量及空氣污染防制費計算的依據。改依行政院環境保護署公告「公私場所固定污染源申報空氣污染防制費之硫氧化物及氮氧化物排放係數及控制效率規定」排放係數，重新計算監測數據不符規定期間（99年第3季起至102年3月改善完成為止）之排放量及空污費。

雲林縣府一共發出4張補繳處分書，於105年5、6月間命台塑石化補繳所屬麥寮三廠99年第4季空污費1312萬餘元；補繳所屬麥寮一廠9年第3季至第4季截止之空污費1億4344萬餘元；補繳所屬麥寮一廠100年第1季至第4季之空污費2億4817萬餘元；補繳所屬麥寮三廠100年第1季至第4季截止，需補繳空污費1億2230萬餘元。

台塑石化不服，向行政院環境保護署提出訴願被駁回，轉而提起行政訴訟。

台中高等行政法院12日宣判，台塑石化麥寮一廠3座排放管道99年第3季至100年第4季，及麥寮三廠系爭5座排放管道99年第4季至100年第4季所應繳納之空污費，其空氣污染物排放量之推估方式，應依行為時「收費辦法」第10條第1項第1款「符合中央主管機關規定之固定污染源空氣污染物連續自動監測設施之監測資料」，而非同條項第3款「中央主管機關指定公告之空氣污染物排放係數及控制效率」。

依「收費辦法」規定，空污費計算應以「監測設施」即時及每日監測數據為基準，而非以「連線設施」傳輸每月監測紀錄之月報表數據為基準。

法官認為，麥寮一廠3座排放管道及麥寮三廠5座排放管道曾於2010年間進行「連線設施」程式汰舊換新作業，但並未導致「監測設施」監測數據發生錯誤，且「連線設施」於2010年間傳輸到雲林縣環境保護局的即時及每日監測數據，也沒有發生錯誤，所以雲林縣府所做的4份處分書，都不合法，判台塑石化勝訴可退費。但全案還可上訴。（賴揆宣布停建深澳電廠）