24日九合一大選，因綁公投10案造成選務混亂、開票延遲等狀況，甚至造成邊排隊投票邊看開票等現象，外界也將矛頭指向中選會。對此，行政院發言人Kolas Yotaka（谷辣斯．尤達卡）表示，中選會主委陳英鈐25日稍早，已向行政院長賴清德請辭獲准，為全案止血。

24日九合一選舉合併公投案舉行，由於公投案達到10案之多，民眾投票緩慢造成投開票所人潮大塞車，選民大排長龍，甚至有長者因排隊身體不適送醫。中選會雖於下午緊急宣布只要在4點前排隊就能投票，但卻造成有些投票所已經完成投票，轉為開票所，但部分投票所仍開放民眾投票的混亂情況。

外界也質疑，這可能使得民眾透過手機等媒介，可以得知其他開票所候選人得票的情況，進一步影響投票意願，可能引起選舉的棄保作用。尤其是選情膠著的台北市長選戰，晚間7點46分才全數投票完畢，直到25日凌晨3點50分才開票完成，最後柯文哲以3254票之差險勝丁守中。

對此，台北市長候選人丁守中質疑有選務瑕疵，並於25日凌晨向台北地院聲請查封票匭，先保留證據，再聲請選舉無效訴訟，法院連夜審理後清晨裁定1日內補繳428萬元保證金。

對於種種亂象，外界也將矛頭指向中選會主委陳英鈐，但從24日晚開票期間卻始終「神隱」，直到凌晨4時左右才對外說明，但對於外界最詬病的「邊開票邊投票不公」，也未詳細說明，僅表示，「法律沒有這樣的規定，依規定就是投完票就要改為開票所，中選會是依往例舉辦。」（王世堅又賭輸）

中選會主委陳英鈐辭職聲明
 

首先感謝全體台灣人民展現公民素養，熱烈參與9合一選舉和10項公投案投票，為台灣民主寫下新頁。對於等候排隊投票造成的不便，本人再一次表達深深歉意。
 

此次10項公投因公民投票法規定，必須與9合一選舉一併舉行。10項公投成案在10月，距離選舉僅一個月餘，而全國1萬5886個投開票所早已選定，短時間內要另外找到足夠大的空間，對於各縣、市選委會都是不可能的任務。在既有的空間下要容納10個公投案投票，很多投票所最多僅能放置3個公投票匭。
 

為了增加公投的投票速度，中選會在投票前緊急為全國約3500個投票所增購圈票遮屏。並且多次呼籲民眾，在進入投票所之前，先瞭解公投案內容，決定同意或反對公投案，以加快投票速度。本次民眾積極參與投票，即使中選會在投票當日請各地選委會因地制宜，依需要將選舉遮屏改成公投遮屏，或增加遮屏，以加速公投投票，但以上種種準備措施仍然難以有效疏解10個公投案在部分投票所造成的排隊人潮。為此，本人已向行政院賴院長請辭獲准，以示負責。
 

最後，謹向此次參與選務工作的29萬5千多名選務人員表達謝意！