因應公投第11案結果，教育部26日公開《性別平等教育法施行細則》第13條修正草案，並預告7天，若外界有意見應於期限內回應；對於公投主文，國中小不得施行「同志教育」的部分，教育部經過兩次會議徵詢，在施行細則中，將「同志教育」刪除，改納入性侵害、性騷擾、性霸凌防治教育課程。

教育部將現行條文中的「同志教育」一詞，以「認識及尊重不同性別、性別特徵、性別特質、性別認同、性傾向教育、及性侵害、性騷擾、性霸凌防治教育」做取代。

教育部指出，該修正案除了參考公投第11案的理由書，還有《性別平等教育法》的規定，更納入性侵害、性騷擾、性霸凌防治教育課程，也符合《兒童權利公約》施行法及審查會議的意見。教育部指出，為配合新課綱的施行，該修正草案將預告7天，如果外界有任何意見，應在7天內回應。

性別平等教育大平台與台灣同志諮詢熱線協會、台灣性別平等教育協會、婦女新知基金會等四民團也發出聯合聲明。大平台指出，公投第11案的結果不等於「廢止同志教育」，因主文中所指是不應在國中小施行同志教育，因此只需在國中小的國民教育內容的執行面調整，未必需要修改細則。有多個民團認為，「同志教育」的定義不清楚，因此，應趁此機會將定義釐清。

聲明指出，部分有心團體將「同志教育」塑造成「同志養成教育」，因此有民眾在公投中被誤導。聲明中肯定教育部透過調整施行細則，將同志教育的定義規範清楚。

民團也呼籲，從公投第11案發起開始，反性平團體便製造不實謠言，謠言至今還在蔓延，民團認為，教育部應加強宣導，以及與家長溝通，也呼籲教育部、各縣市教育局及學校持續落實性平教育。