國防醫學院前院長林石化少將2018年因酒後失態遭調職，但卻在4月1日起回鍋代理國防醫學院長。對此，國防部長嚴德發11日表示，主因是招生階段忙碌想借重林石化的經驗，非正式回任，將代理到新院長到職為止。

林石化2018年12月18日晚間搭乘高鐵，因酒後失態影響鄰座乘客、言行失當有損官箴，國防部決定將他調職並任陸軍司令部委員接受調查，當時國防部也發布新聞稿強調，領導幹部應以高標準自我要求，對於林石化的不當言行傷及軍譽，深感遺憾與歉意。

不過事隔不到4個月，林石化卻重新擔任國防醫學院長。而國防部10日也發出新聞稿，表示林石化曾獲教育部師鐸獎、科技部傑出研究獎及中華民國醫療奉獻獎等獎項，借林石化豐富的臨床教學經驗及學術成就，加上因應國防醫學院學生畢業、派職需求及國考整備等作業，國防部依「陸海空軍軍官士官任職條例暨其施行細則」，暫由陸軍司令部委員林石化少將代理院長，直到新院長到職為止。

針對這項爭議，嚴德發11日上午在立法院受訪時表示，許多人都非常認同林石化在醫學學術上的專業，石也曾獲得教育部優良醫師獎，目前仍是陸軍委員。嚴德發指出，由於適逢學生畢業參加國考及招生階段比較忙碌，希望借重林石化的經驗回來幫忙並代理院長，他強調，此次非正式回任，林石化也將代理到新院長到職為止。（蔡英文將迎白沙屯媽祖聖駕）