台北市政府以大巨蛋未按圖施工為由，於2015年勒令遠雄停工，遠雄不服提行政訴訟。經上訴，最高行政法院4月30日認定北市府處分停工並無違誤，改判遠雄巨蛋敗訴定讞。對此，台北市長柯文哲1日受訪時表示，判決結果並不意外，「但是我們也不會刁難，就重新申請建照然後復工。」

台北市政府於2015年5月20日，勒令大巨蛋停工，遠雄巨蛋公司除了向台北高等行政法院提告撤銷停工處分，也於2016年6月6日向法院聲請停止執行停工處分。

針對「停止執行停工處分」部分，台北高等行政法院2016年7月裁定，大巨蛋停工導致水浮力、鏽蝕與坍塌等問題，將威脅周遭與民眾安全，為維護安全跟防範危險，在應施作的範圍內，停工處分可停止執行。北市府不服提出抗告，最高行政法院於同年8月底駁回確定。

至於「全面撤銷停工處分」，台北高等行政法院2017年7月做出緊急處分，認為北市府全面停工處分違法，裁定遠雄可在維護安全、防範危險發生範圍內維修。而台北高等行政法院也在2017年9月間做出判決，撤銷台北市府全面停工處分，准許遠雄有限度的復工。

遠雄巨蛋與北市府均不服提起上訴，最高行政法院院4月30日認定，台北市政府做的停工處分，並無違誤，至於原判決撤銷「關於維護安全、防範危險發生之施作部分」，因這部分不在停工處分的規制效力範圍內，已構成訴外裁判的違法，因此廢棄原判決，並改判遠雄巨蛋敗訴定讞。

而柯文哲1日在臉書張貼受訪影片，並表示，「本來就預料中的事，不按圖施工被判停工這本來就合理，重點現在是要解決問題，不按圖施工被判停工，現在要解決兩個方案，一個是按圖施工，不過那已經不可能，因為連柱子都不一樣，所以變成他要重新按照目前的狀況申請一張建照，這建照一樣，防火避難性能審查已經審過，現在就是都審跟環評，就是按照程序。」

柯文哲接著說，他知道大巨蛋案社會矚目，所以他的做法很簡單，每次在做都審、環評就公開透明、網路直播，「我已經聲明很多遍，不會放水，但是我們也不會刁難你，就按照程序走完，然後去申請一張新的建照，然後再去復工，這樣就好了。」

針對判決結果，遠雄發言人楊舜欽院表示，尊重市府裁量權，但裁罰方式很多種，市府選擇最重的方式，遠雄表示尊重與遺憾，判決不影響建照變更，雙方仍朝履約進行，最快月底提送都審、環評資料。(朱立倫邀賴清德上廣播節目)