柯文哲28日前往雲林縣虎尾區參拜虎尾福安宮，對於私菸案醜聞，柯表示「若是嚴辦下去將會是大屠殺」，若繼續辦下去，如果真的要大屠殺，我看國安局或侍衛室至少一半的人都不見了。

國安局少校侍衛官吳宗憲爆發涉嫌利用總統專機走私香菸，其數量增加至1萬條，媒體提問蔡英文是否沒意識到問題的嚴重性？柯文哲直言，總統旁邊站的那些人我們都會看，搶國營事業的現象已到「肆無忌憚」的地步，也不是今年才出現的，在過去2、3年中，那些『蹭』國家的，總統都沒有講話，這都只是冰山一角」。 「這件事情，我認為辦不下去，一萬條香菸，有買的人全部要處罰嗎？處罰看看好了，一萬條香菸要多少人才會買到，你想就知道，一萬條不是一萬根耶」。並怒批蔡英文旁邊站那些人我們看一看，這沒用啦！

柯文哲接著說，像他擔任台北市長期間，政治文化的部分，他與團隊不可以做的都不能做，堅持1、2年到了第3年就有成效。但走私香菸可說是「歷史共業」，政治文化的改造，不是一時之間就可解決，3年來都不處理，蔡英文現在想處理，柯覺得到最後不管如何，怎麼「辦」都會很慘。

私菸案一事延燒，日前總統府表示走私行為是「超買」，對此柯文哲日前還酸「那乾脆以後貪污叫為民服務費用好了」。

對這次私菸案爆發，柯文哲認為非一朝一夕，柯說，若是要改變這種政治文化，需要幾年的時間才能導正。（韓國瑜主持義賣募500萬）