針對國安特勤走私菸案，陳水扁對此重砲轟擊，阿扁在臉書表示，2016年6月第一次，蔡總統還沒返抵國門，國防部就出包，推給小兵誤射飛彈，差點引發台海戰爭；2019年7月第七次，蔡總統專機還沒滑進國門，國安局再出包，爆發利用總統專機走私免稅香菸的國際醜聞。這是從馬總統2014年7月出訪夾帶走私免稅香菸千條以來，變本加厲最駭人聽聞的重大弊案。

阿扁說，經查阿扁總統時代並未發生。如果沒有華航「內神通外鬼」，是不可能「五度五關」，再由總統府派出五部貨車準備運送走私香菸的。

阿扁指出，誠如政治評論家說的，這次的國安私菸醜聞將重創蔡總統的選情。不希望看到少校行政官變成扛責的「余文」，而更大尾的星級將官調職免除刑責。2000年7月22日八掌溪事件，警消二位署長請辭負起行政責任，游揆則負起政治責任下台；2004年3月19日319槍擊案，國安局長與侍衛長下台還不夠，內政部長也因政治責任請辭獲准。國安私菸案應負起政治責任的國安會秘書長或府副秘書長能夠平安沒事嗎？何況華航二位綠營出身的副總是否才是真正的「共犯」，竟能消遙法外安全下莊？如果對自己人可以輕輕放下，蔡總統就準備111重重摔下吧？