國安局就特勤私菸案說明追查情況，總統府２日稍早也發出聲明，補充回應外界疑慮，其中特別提到，表陳菊非特勤中心指揮體系，「相信歷任政府的總統府正副秘書長，都應該很清楚。」
 

據國安局公布，國安局中共76名國安特勤人員涉案，分布在國安局25人、侍衛室49人、憲兵警衛大隊2人。而在國安局25名涉案人員中，分別為局本部4人、特勤中心19人、訓練中心2人。

針對國安局聲明，總統府補充3點：

一、  陳菊秘書長與邱國正局長兩次會晤討論本案，第一次為邱局長上任第一天，另一次則是日前向總統面報調查進度，陳秘書長與邱局長都有共同決心，解決過去多頭馬車所造成的漏洞。

二、  國安局特勤中心、總統府侍衛室，及總統警衛室長年累積的管理權界定不清問題，既然發生此次利用元首出訪涉嫌違法私菸案，總統府與國安局面對問題、解決問題，爾後回歸特勤條例宗旨，由國安局負責安全勤務的督導與輔導，總統府則依組織法辦理有關人事預算等一般行政庶務。

三、  特勤系統有其專業性，並有特勤條例的規範，總統府秘書長不在特勤中心的指揮體系之中。這一點，相信歷任政府的總統府正副秘書長，都應該很清楚。（台股收盤重挫182.71點）