行政院12日至14日在全台舉辦10場「日本食品輸台公聽會」，除了引起朝野攻防、中央與地方之間不同調外，公聽會期間更有黑衣人到場滋事、杯葛議事，引起爭議，使得這場由福島食品引起的烽火燎原之勢，讓府院備感壓力。據媒體15日報導，蔡英文總統在14日晚間的「政策協調會」中表示震怒，痛批「為什麼黑道可以闖進公聽會？」在蔡英文指示下，台北、高雄的公聽會計畫補開，維護民眾與官員安全，並加強溝通。

行政院長林全對此表示，將加開公聽會場次。行政院食安辦主任許輔表示，具體時間與方式將跨部會研議。

據《聯合》報導，蔡總統14日在執政決策協調會議，對黑衣人在公聽會滋事相當不滿，認為此事已經讓民眾與官員人身安全受到威脅，她詢問內政部長葉俊榮此事後，立即指示，若因鬧場導致公聽會無法進行的，就需要補開。

而行政院長林全則於15日下午證實加開公聽會場次一事，他在行政院出席「105年模範採購人員及採購案件暨104年績優採購稽核小組」頒獎典禮後，被媒體問到有關是否重開公聽會？是否加公聽會場次？林全回應，會增加公聽會場次。至於補開公聽會的具體情況，行政院食安辦主任許輔指出，確切的日期和方式，需要召開跨部會會議再做確定。

農委會與衛福部7日在立法院社福及衛環委員會針對「日本食品輸台」專案報告，農委會副主委陳吉仲表示，目前全面禁止輸入福島等5縣食品的國家，只剩台灣、中國及港澳。他表示，基於「加強管制，安全輸入」的原則，將對於日本核災5縣食品擬由原來的「地區食品管制」改為「風險食品管制」，也就是只針對高風險食品進行管制。

而為推動日本食品輸台政策，台日將簽署「台日食品安全及進出口合作備忘錄」，對此行政院緊急召開共10場的「日本食品輸台公聽會」以凝聚社會共識，但無奈多起公聽會皆在藍綠衝突中草草結束，不但出現頻頻出現掀桌場面，台南場還有官員被推坐在椅上，高雄場更疑似有黑道份子介入，氣氛劍拔弩張。

為此，針對關心黑道干擾日本進口食品公聽會的情形，總統府表示，昨（14）日執政協調會議上，有與會成員提到包括有民眾被毆傷，公務員受到威脅等，會議現場受到破壞等狀況。總統向內政部長了解相關治安狀況的後續處理情形，總統認為，公聽會的辦理最重要的目的就是讓政府能說明，讓民眾有機會了解相關資訊，須注意避免民眾及公務員再次受到暴力威脅。至於公聽會有因暴力威脅、滋擾而無法讓民眾充分表達意見而是否加開，由行政部門進行研議。

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