台北市聯合醫院企業、醫師執業2大工會8日出面控訴，聯醫發放的中秋節獎金遭到大砍，而獎金占醫護人員薪資中很大的比重，因此等於遭到扣薪，工會更提出許多疑點，直指院方黑幕重重，並呼籲市長柯文哲、聯醫總院長黃勝堅要出面解釋。台北市議員邱威傑「呱吉」與林亮君（時代力量）都到場聲援。然而對於眾多指控，聯醫副院長表示，獎金雖然減少，但一切都依循法律。

2019年6月時，北市聯醫便爆發出員工績效獎金遭到無預警調降，引起聯醫企業與醫師職業工會譁然，而他們又於8日再度指出，聯醫發放的9月中秋獎金大幅減少，有年資長達13年的專科護理師，2017、18年的獎金從5、6千元被砍到只剩13元。北市醫師職業工會秘書廖郁雯痛批，「少個1、200元還能理解，但卻對大幅縮水的原因毫不知情」。

醫師職業工會理事長張詔程也痛批，總院以「不希望院區產生嫌隙」為由，不肯公開院區預算與財務報表，在議員要求下才「擠牙膏式」的提供，但仍然不是全部，因此不能檢視、了解扣薪範圍，「這對醫師或護理師衝擊很大」。

張詔程表示，柯文哲上任後，要求聯醫直興安寧醫療或居家照顧醫療，「承受許多公共業務，卻要面對扣薪問題」，他也指出，聯醫雖然宣稱是健保制度出現瑕疵，但台北市各大醫學中心卻都沒有扣薪問題，他也點名同為聯醫醫師的市長夫人陳佩琪「一定清楚砍新狀況」，張詔程說，如果無法保證醫護人員的待遇，勢必會造就超高離職率、影響醫療品質。

運作聯醫獎勵金分配的績效小組，其員工代表選舉也被質疑黑箱作業，聯醫企業工會理事長郭簣瑩指出，許多員工都不知道投票時間、結果，「甚至不曉得自己被推派」，且小組每年開會4次，但2小時就能審25至30件案子，然而會議記錄卻都沒有公開，「完全不知道錢怎麼花、怎麼刪」。

郭簣瑩表示，聯醫的醫護人員薪資結構，醫師薪資高達8成來自獎勵金、非醫師人員則約3成，9月中秋獎金她僅600元，2018年卻有5千元，等於被扣薪，她也擔憂，明年春節獎金恐怕是0元，質疑聯醫高層好大喜功，造成基層醫護與員工薪資浮動，她要求獎勵金納入正式人事成本。

面對工會對強烈指控，聯醫副總院長黃遵誠說，聯醫是公立醫院，獎勵金發放根據是中央訂定《公立醫院獎勵金辦法》，收入、支出相抵有盈餘才能發，因健保點值變化，107年聯醫業務收入增加2.1億元，折讓後使得收入減少加上調薪與藥品材料成本，總體收入是減少，因此連帶影響獎勵金發放。

黃遵誠也坦言，總體來說員工口袋少了是事實，但獎勵金發放一切按照中央規定，因為大環境的變化，衛生局緊急提撥經費，但這次缺口很大，撥補沒辦法完全補足，聯醫在這方面有做努力，「包括藥材、水電費再精算」，他強調，聯醫財務報表早有公開，總院長也指示要向員工與工會釐清，未來每一季都會辦說明會，更會與工會理監事座談。（蔡英文請韓國瑜講清楚個資外洩細節）