太陽花運動期間，發生警民衝突，台北地方法院1審判北市警應賠償111萬元。在上訴期限的最後1天，柯文哲表示，北市府確定會上訴，針對判決書有疑義的地方澄清；更指出，內政部長徐國勇也不敢稱不上訴，「若不上訴，警察就會反彈。」

太陽花國賠案持續延燒，柯文哲28日上午表示，北市府確定會上訴，針對判決書有疑義的地方澄清，但他始終認為這是一個歷史、政治事件，用法律解決「有點卡卡的」。

柯文哲指出，在他任職台大醫院創傷部主任時，因業務交接，熟識現任彰化縣警察局長方仰寧，當時方是中正一分局長。柯文哲透露，印象中，方為了太陽花一事身上背了53個案件。

柯文哲認為，太陽花學運是重大歷史事件，但希望大家能讓盡量結束就結束，重新出發，若每個人都要留在過去情緒裡，告來告去，大家情緒都不好，警察局有警察局的堅持。

柯文哲提及，徐國勇也表態要上訴，儘管民進黨是太陽花的受益者，但警察有8萬人，「不上訴警察就反彈了。」柯文哲表示，若可以，替學生、警察等被告安排協商機制，大家把它結束掉。

但時代力量立委黃國昌反對上訴，指當時法官有提是警察埶法過當。對此，柯文哲回應，法律的問題還是回到法院處裡，不是在外面辦一個羅馬競技場讓大家來辯論。

負責此案的副市長黃珊珊也對外說明，主要釐清警員在值勤時，比例原則的認定，以及大規模陳抗時，警方和民眾肢體接觸過程中，是否存在失當或過當的問題。黃珊珊表示，若警方真的有錯，該賠就會賠，市府不會縱容；若沒有直接證據，應尊重警察局上訴權利。（香港至深圳邊界查獲250米地道）