2020大選日期將近，曾代理花蓮縣長、現任法務部政務次長蔡碧仲17日在臉書表態支持民進黨現任立委蕭美琴，對此國民黨批評違背行政中立原則，要求蔡政府立即撤換蔡碧仲；針對藍營抨擊，蔡碧仲下午受訪時回應，強調自己是「政務人員」，不在現有的〈公務人員行政中立法〉規範內，而即便依照〈政務人員法〉草案，基於政治任命的人員還是可以助選、站台、造勢。

蔡碧仲17日於個人臉書發文力挺民進黨現任立委蕭美琴，他在文內指出，蕭美琴在工作上是非常優秀的立委；而在情感上，蕭秉持宗教中「焚而不毀」的崇高信念，為花蓮認真做事，呼籲花蓮民眾以選票支持蕭美琴。

基於蔡碧仲現職法務部政務次長，他力挺蕭美琴的文章於18日遭到國民黨大力抨擊「違反行政中立原則。」國民黨聲明表示，法務部掌管國家檢調系統，卻公然支持特定候選人，讓人民對於檢調機關查察賄選、防止選務弊端的功能產生懷疑，「民進黨應立即撤換蔡碧仲，還給司法檢調機關獨立自主的空間。」

針對藍營抨擊支持蕭美琴違反行政中立，蔡碧仲18日下午指出，他曾代理花蓮縣長，跟蕭美琴互動非常好，因為蕭美琴要爭取連任，基於個人情誼，在臉書上發表代理期間對蕭美琴的了解與推薦，「而且是在私人臉書。」

他表示，擔任法務部政務次長，執行公務期間不適合做一些利用行政資源使人投票或不投票的行為，這是一種自制的行為（指利用個人臉書發文），因此他沒有違反行政中立的問題，也沒有擔任法務部政次而不自制的問題。

針對國民黨的指控，蔡碧仲回應，據《公務人員行政中立法》規定，公務人員不得為支持或反對特定之政黨、其他政治團體或公職候選人，從事發起遊行、公開為候選人站台等政治活動或行為，但政務官（中央一級與二級之首長）、民選公職人員（行政首長、國會議員等）、法官等並無包含在內。

由於法務人員多為監督選情的角色，為避免個人立場偏頗，過往鮮少有人公開表態支持候選人，蔡碧仲此公開舉動才引起外界議論。（柯文哲改口：我要……選擇性失憶了）