因應武漢肺炎疫情持續擴散，高雄市政府在29日晚上宣布，2020高雄富邦馬拉松將停辦。另外，金門縣政府也在26日決議取消2020金門馬拉松。

高雄富邦馬拉松29日在臉書上表示，由於國內武漢肺炎個案持續增加，仍有相互傳染疑慮，為了所有參與此賽事人員的健康，原定2月8日、9日舉行的2020高雄富邦馬拉松決定停辦。

主辦方表示，經過多次內部討論會議，雖然已經寄出參賽者物資，架設好現場活動看板，路線標示，做好舉辦賽事的一切準備，也盡一切可能規劃好了現場的防疫作為，但團隊經過反覆考量評估後，「聯合全台灣各縣市一起消滅疫情才是支持高富馬的唯一也是最好的方式，因此我們決定停辦2020年的高雄富邦馬拉松。」

高市府表示，將會儘速完成後續處理（含退費補償）機制，並於「高雄富邦馬拉松粉絲專頁」、「KSD好運發粉絲專頁」、「高雄市政府運動發展局官方網站」公告。

另外，金門縣政府也決議取消同樣在2月8日、9日舉行的「2020金門馬拉松」。金門縣政府表示，26日邀集各相關單位召開「金門縣嚴重特殊傳染性肺炎疫情應變指揮中心會議」，經評估武漢肺炎疫情擴散狀況，決定停辦。

金門縣長楊鎮浯表示，已要求縣府教育處作好後續聯繫跑友、退費與相關配套措施；後續配套措施將於「金門馬拉松粉絲專頁」與「中華民國路跑協會網站」公布。（建議中港澳學生入台在家休息14天）