針對核食公投議題，國民黨出現不同調。副主席郝龍斌積極帶領呼籲黨籍民代推動核食公投連署，但是中央政策執行長蔡正元卻發令各級黨團，指「本黨目前沒有推動核食公投計畫」，擺明和郝龍斌唱反調。

國民黨副主席郝龍斌推動核食公投，1日在媒體報導沸沸揚揚，郝龍斌還接受《上報》採訪秀出公投主文的樣張。另外，前一晚蔡正元也在他的臉書放上反核食連署書，一度讓人以為國民黨全力主導核食公投。

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但是1日中午12點33分有人在國民黨line的縣市議會群組上直接問政策會，指「本黨副主席郝龍斌和立法院黨團正式推動公投，以上是公投題目，主文下周公布，黨中央亦全力支持，但經費由民間各自負擔，不增加本黨困擾，請大家廣泛發動傳播。」

蔡正元立即回文，「本黨目前沒有推動核食公投的計畫！」

1日下午，蔡正元再以國民黨中央政策執行長名義，發文給各級民代黨團，文為：「政策會報告：本黨目前沒有推動核食公投的計畫，也未要求民代進行公投連署，但肯定民間發起。」

不少國民黨籍民代看了一頭霧水，搞不清楚到底國民黨是要推核食公投？還是不要推核食公投？蔡正元還是堅稱國民黨沒有推核食公投的計畫，但對民間發起樂觀其成。

蔡正元說，目前黨中央財務困難，再來核食公投是副主席郝龍斌和楊志良的計畫，未向黨中央提及過，所以政策會認為必須講清楚，才不會掠人之美。不過他說，樂見反核食運動百花齊放，反核食公投是一種，反核食連署也是一種。

另外，最重要的是，蔡正元認為，公投太費時枆力，且太過於溫和，不適合黨中央目前要走的抗爭路線，所以才表態黨中央不推動核食公投。因為如果黨中央要主導此事，得要下令各級黨團動員，也要分發公投連署配額，工程非常浩大的。

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