蘇志誠在李登輝時代擔任「兩岸密使」，1990年，當時借助國學家南懷瑾的牽線，李登輝與時任中國國家主席江澤民達成兩岸互動主軸。仰賴雙方核心親信，「江辦」曾慶紅與「李辦」蘇志誠所主導，開啓了兩岸談話機制。

1992年6月15日，李登輝派遣辦公室主任蘇志誠、偕同前中視董事長鄭淑敏前往香港，隔日，與汪道涵及主管涉台事務的楊斯德、許鳴真秘密見面。這場會面，敲定了首次「辜汪會談」日期。

李登輝、江澤民彼此間密使往來，確立兩岸以「海基會」、「海協會」往來的體制。這個名義上的「非官方」架構，直到今天仍有效運作。

1998年兩岸關係短暫恢復，辜振甫1998年訪問上海和北京。1999年，李登輝提出兩岸為「特殊國與國關係」（即兩國論）的論述後，為這一段歷史劃下句點。

拿國安密帳顧外交惹議

1994年5月，李登輝當年訪問南非時，答應捐贈1050萬美元給南非執政黨「非洲民族議會」，李登輝指示外交部若無預算，可向國安局動支由「奉天專案」先行代墊。當時國安局長為殷宗文，殷接獲指示並配合墊款。

 李登輝執政期間，以「奉天專案」等計畫，將國安局各項秘密預算結餘款集中。

「奉天專案」是國安局非法秘密費用成為總統的私房錢，國安局在奉天專案下，又再編列以學術合作支援外圍單位「當陽專案」、及對美日外交「明德專案」等。 經費總計約30億元，歷年累積高達10多億元孳息。

1998年9月間，國安局發文要求外交部返還由「奉天專案」先行支付的墊款。

1999年2月4日，時任外交部長胡志強歸還代墊款，將1070萬元美金匯入國安局盛昌公司中國中國民銀行國外部帳戶內。

國安局會計長徐炳強收到這筆1070萬美元後，同年4月1日，徐炳強又隨即指示國家安全局出納組上校組長劉冠軍提領750萬美元，之後再由劉冠軍以化名方式，換購美國運通銀行面額1000美元連號旅行支票7500張，及29萬4545美元現金，換好的現金，轉由徐炳強以水果禮盒包裝方式，交給當時任職中華開發董事長劉泰英手上。

扁自曝：是我壓下李登輝國安密帳

2008年陳水扁卸任總統之後，檢調全面清查扁家弊案，當時陳水扁還特地向媒體、法官抱怨，李登輝的國安密帳都是靠他壓下來的，卸任後竟然反遭追殺，此舉，似乎是在不斷試圖拖李登輝下水，最後逼得李登輝辦公室聲明，「再亂指控就提告」。

陳水扁在洗錢案爆發前，曾主動對外爆料，陳水扁還表示，李登輝曾將三億元公款流入私人智庫台綜院，並強調，還「壓住75顆未爆彈」，才讓外界免於追究李登輝國安密帳等弊案。

此部分，檢察官薛維平在起訴徐炳強國安密帳案，已查出李登輝利用總統特權，強命外交部歸墊國安密帳的錢，後來到台綜院手中，用來買大樓，充做李登輝辦公室。

扁爆洗錢案　多次拉李登輝下水

扁家洗錢案爆發後，陳水扁又曾多次公開爆料，直指前總統李登輝也匯了10幾億元到國外，甚至還質疑特偵組為何沒有辦？

陳水扁不但公開爆料，還指證歷歷說：「查新瑞都案，李先生也利用人頭帳戶，匯了10億元左右到國外，我們也要特別籲請特偵組一併偵辦。」而特偵組當初偵辦扁案，到寶徠扁家住所內，就赫然查扣一批國安密帳奉天專案孳息支出統計表。

陳水扁當時向檢方坦承，這批資料是葉局長給的，這資料會在寶徠出現，陳水扁說：「這種檔案我是隨時攜帶。」 扁還辯稱，相關資料涉及情資，這涉及到李，因避免李登輝誤會是他在恐嚇，才保存這些資料。

陳水扁這樣有恃無恐地向李登輝宣戰，也間接證實，陳水扁當時似乎利用公器，暗中蒐集李登輝把炳。

而陳水扁在審理過程中，李登輝也常不假辭色透過媒體批評陳水扁。

陳水扁和李登輝互控對方將鉅款匯往海外。只不過是陳水扁早在2002年就開始對李登輝出手。

據稱，當年3月12日，陳水扁趁李登輝住院前去探視，還亮出寫有「陳國勝」、「李忠仁」名字紙條，還問李登輝認不認識這兩人，扁還加一句這兩人幫你洗錢，為此還讓李登輝氣炸，簡直是把「問候病人」演成「政治恐嚇」。