敦睦艦隊緊急召回官兵的集合點繁多惹議。其中，宜蘭有6人需召回，地點選在宜蘭國中，影像畫面在21日曝光，一輛大型遊覽車直接開進校園，車上還有穿著全套防護隔離衣的官兵下車；因為無事先告知，校方當場要求把車開走。

確診28名敦睦艦隊成員，足跡遍佈全台，有媒體取得19處召回地點。

集合點之一的宜蘭國中，甚至傳出遊覽車直闖校園的情形，校方21日臉書發文還原經過，把軍方的行為全公開。文中也向家長們喊話，受檢人員並無進入校園，校方發現後立刻請車子離開，宜蘭市公所一大早就到校園消毒。

無獨有偶，台中召回處選在已知的台中一中外，另有烏日東園國小校門外。對此，台中市長盧秀燕22日痛批，軍方把集合點像感染種子一樣全國到處撒，讓全國感染風險提高，真是可惡至極。

她指出，國防部既然知道敦睦艦隊有問題，而且艦隊有人發燒，怎麼可以將風險的種子在全國到處撒，盼軍方能確實吐露情形，不要像擠牙膏一樣，每天擠一點出來，地方問都問不出來，都是從各方面零零碎碎消息拼湊出。目前，兩處皆已消毒整個區域，但當地人心惶惶。

彰化縣部分則是在精誠中學集合，彰化縣衛生局長葉彥伯表示，事先並不知道國防部為何挑選這些地點，要集合前也未通知衛生局，不過這些集合的官兵未傳出確診病例。

縣長王惠美也對此喊話，她說，防疫視同作戰，不容許有任何的缺口，國防部如果先知會地方，地方政府一定全力配合，也會建議更適當的集合地點，讓民眾更加安心。

王惠美指出，這次集合的地點大多選擇學校，如果防疫有破口，會讓很多民眾擔心，希望下次遇到類似情形時，能夠知會地方政府。精誠校方22日已完成清消。

國防部召回官兵地點遍及各大校園惹議，對此，國防部在21日的初步報告表示，他們以最短時間、最少集結人數，迅速完成集合，以減少官兵在外接觸範圍。

至於集合地點，國防部說，以場地空曠、通風良好及地標明顯、易於辨識、不易混淆之地。因當時有時間壓力，必須於最短時間內，急於將人員召回，任務規劃未儘周全，事先未能與相關單位溝通協調，造成社會大眾擔憂與困擾，為此表達歉意。（敦睦艦隊進行機密任務）