陳菊就任監察院長後，任用5名機要皆為前高雄市府人員，遭外界質疑「任用私人」；對此，陳菊回應，人事任用公開公平，優秀的文官不會寂寞。監察院11日發布新聞稿表示，陳菊機要任用的人數與方式完全符合機要人員任用法規。

陳菊所任命的5位機要人員，分別為高雄市政府前行政暨國際處處長陳瓊華、總統府秘書長辦公室前參議謝博任、高雄市政府市長室前機要秘書林伊辰、高雄市政府前秘書葉曉岑、高雄市府環保局公務員洪語青；單都是前高市府人員，引起外界臆測是否獨厚「自己人」

監察院代理秘書長劉文仕12日表示，監察院內機要任用都是符合「各機關機要人員進用辦法」第3條第1項「各機關進用之機要人員員額，最多不得超過五人。」規定辦理，前任院長也是依此辦理，任用機要人數也是5位。

劉文仕稱，「法有明定、公務員才敢執行」，法律不會為特定人而訂定，公務員也不會為特定首長而執行不同法律，而且機要人員是隨首長進退，並不影響公務人員的權益，屬任務型任用的一般公職，執行公務都要符合相關法令內規。

劉文仕指出，除既有的監察權，新一屆監察院還增有「國家人權委員會」任務，任用5位機要是法令賦予權責，也是符合新屆期監察院工作任務推動所需。

劉文仕也說，機要人員的彈性高，隨時可以配合院務需求前往不同單位支援，機要人員更是隨首長進退，陳菊的機要人員將來也是如此，因此外界以放大鏡看待新任院長室5位機要同仁，實屬過度揣測。（馬英九稱陳其邁已被高雄人否定過）