第二十屆國家祈禱早餐會將於30日在新店行道會卓越美河堂舉行，由於蔡英文總統表態支持婚姻平權，以致該屆國家祈禱早餐會籌備會表示「蔡總統不必到場，委派另一位政府官員出席即可」；對此，台灣基督長老教會（以下稱長老教會）29日發布聲明，表示將退出國家祈禱早餐會及該屆籌備會。

蔡英文總統日前在臉書表態「挺同」，而「第二十屆國家祈禱早餐會」籌備會於25日獲悉此事後，對蔡英文於同志婚姻議題的立場與發言有所疑慮，故27日召開線上臨時籌備會，並多數決議「蔡總統不必到場，委派另一位政府官員出席即可」。對此，總統府也於29日回應，蔡總統不便參加本屆國家祈禱早餐會。

長老教會則表示，自第二十屆國家祈禱早餐會籌備會第一次會議以來即參與其中，但籌備會卻在正式邀請總統出席之後、於舉辦前夕為「單一議題」經多數決而建議總統不到場。

長老教會強調，這已違反自2001年首屆國家祈禱早餐會參與至今的宗旨：「台灣眾教會共同為人民、政府、總統、國家、及世界和平所做的祈禱，求上帝使我們的國家能夠落實上帝所賜的公義、和平、慈愛，讓台灣成為一個信、望、愛的國家。」故決定退出本屆國家祈禱早餐會。

長老教會表示，總統為國家元首且代表國家，歷屆國家祈禱早餐會皆邀請總統到場和致詞，表達眾教會對國家和元首的關懷，共同為國家元首祈禱，祈求上帝賜福我們的國家，這也是舉辦祈禱早餐會的重要目的。

長老教會表示「本屆建議總統不到場，已失去國家祈禱早餐會的實質意義」，並質疑，第二十屆國家祈禱早餐會以「愛無國界」為主題，因單一議題的立場差異，造成總統是否到場的疑慮，何以見證在基督裡「愛無國界」。

對此，總統府發言人張惇涵表示，因考量不樂見籌辦團體為此爭紛，總統婉拒出席，也不會另委派代表與會，但仍祝福活動圓滿順利；他也強調，今年國家祈禱早餐會以「愛無國界」為主題，而台灣能夠成為亞洲第一個婚姻平權合法化的國家，就是具體表現出台灣是透過民主捍衛人權的國家，同時展現台灣社會多元與包容價值的重要里程碑。（中山分局2警索賄百萬、喝花酒）