針對愛沙尼亞政府證實，同意我國在該國設立辦事處，我國外交部表示，目前雙方仍處於討論階段，雙方都肯定設處對強化交流具有重要意義，但雙方仍未達成共識，外交部感謝愛沙尼亞政府願意持續討論，外交部對此事保持開放態度。

愛沙尼亞媒體報導，愛沙尼亞政府已同意台灣以「台北」名稱，在愛沙尼亞首都塔林開設經濟或文化代表處，並強調深化與台灣的雙邊關係，並不違反該國的「一個中國」政策。此外，我國外交部長吳釗燮將於8日應邀赴塔林，出席該國智庫「國際國防安全中心」（International Centre for Defence and Security，ICDS）舉行的台灣外交政策研討會並發表專題演說。

關於設處一事，外交部說明，目前外交部與愛沙尼亞仍然處於討論階段，雙方都肯定設處對於強化雙邊交流具有重要意義，但目前雙方尚未達成共識；外交部感謝愛沙尼亞政府願意持續與我們討論，外交部對此保持開放態度。

外交部表示，台灣與愛沙尼亞為理念相近夥伴，雙方共享自由民主價值，愛沙尼亞衛生部長西庫特（Riina Sikkut）於今年5月在世界衛生大會（WHA）中為台灣執言，雙邊關係穩健發展，外交部將持續強化與愛沙尼亞等理念相近國家的交流與互動。

目前台灣在波羅的海三國中的拉脫維亞和立陶宛均設有代表處，對愛沙尼亞的政務及領務由駐拉脫維亞台北代表處兼轄。一旦在愛沙尼亞成功設處，我國便將實現在波羅的海三國設置專轄代表機構。

近年來我國與波羅的海國家關係發展良好，今年8月，波羅的海三國首度籌組外交委員會主席聯合訪問團來台，晉見蔡英文總統、拜會行政院長陳建仁、立法院長游錫堃、外交部長吳釗燮等，與台灣交流對抗極權主義國家的軍事威脅、數位領域的網路攻擊等經驗。