今年5月6日立法院審查國家中山科學研究院設置條例第33條條文修正草案時，民進黨立委尤美女就提案，中科院轉型為行政法人後，成為「國家機密保護法」法制上的漏洞，要求國防部、行政院人事行政總處應於3個月內會同法務部，研議修正《國家機密保護法》，以具體規範使中科院適用。

但才不到7天，中科院就以是行政法人與維護員工權益，主動發文給移民署出入境管理局，要求將中科院通報幾千位列管人員名單從出入境電腦資料庫中下線，除中科院無視立法院監督，大鑽法制上漏洞外，國防部身為監督機關不能事先籌劃將漏洞補上，令外界感到國防部對轉型後的中科院的安全稽核幾乎是「放牛吃草」放任不管。

掌握管制人員出國　「國安局」集中保管護照最嚴格

以出入境安全管制而言，目前管制最嚴格仍是國家安全局與其所屬單位，依規定將所屬軍警文職人員的個人護照，均交由各單位集中保管，若要出國休假一定要有核准文件才能拿回個人護照，並依此文件出示給航空公司與出入境查驗人員方可出境，返台後護照還是要交回保管，來完全掌握並管制人員出國。

國防部過去在軍職人員的護照都有註記是軍人身分，並在出入境電腦資料庫註明，因此軍職人員出國都要拿著單位的核准文件才能辦理登機與出關，與國安局不同的是護照是自行保管。但今年5月「國家機密保護法」修法通過後，國防部擴大管制範圍，除主官管文職人員要管制外，只要涉密文職人員通列冊，比照軍職人員方式進行出入境管制。

中科院「麒麟專案」外洩事件　機密文件事後統一歸檔

至於中科院在2014年6月轉為行政法人前，是國防部所屬單位，因此比照國防部的管制方式，當時無論是軍職或涉密科聘文職人員，在護照與出入境電腦資料庫都會註記，沒有單位核准文件是無法出境。因此當中科院要轉型為行政法人時，國防部與中科院早就對未來人員出入境管如何管制曾有討論，但當時設置條例內對中科院轉型有3年的但書，若績效不好或國防部各軍種評價不高，中科院可轉回到原有隸屬國防部的編制。

因此中科院真正沒有束縛是在2017年6月以後，但2016年5月蔡英文總統執政後，力主國機國造、國艦國造與潛艦國造等國防自主政策，加上調整國防部各軍種建案都要有中科院參與，因此中科院不但預算三級跳，更研製國軍多項的重要裝備，雖這些年中科院督安室比照國防部機密管制方式，就內部人員與機密文件進行控管，但仍在2018年底發生了負責代號「麒麟專案」太空低軌道的運載火箭的上校副組長軍官，前往國防部開會竟將機密資料遺留在YouBike自行車上的外洩事件，這也顯示其機密文件管理的鬆散不確實，雖中科院事後亡羊補牢全面將機密文件統一歸檔，但對於人員出國的管制，雖內部自有管制的方式，但卻又以行政法人與維護員工權益要求出入境資料下線，這種自認可管制又鑽法制上的漏洞，忽略國家安全的整體性，實難令人苟同。