潛艦國造被海軍喻為「重中之重」，在軍方安全保密上採最高規格管制外，在參與設計建造潛艦的台船人員，除依「國防廠商安全管控機制」辦理境管外，在簽訂的保密條款中有特別規範不得進入中國大陸與過境港澳地區。據指出，這是國安單位的建議，因港澳地區機場海關電腦系統都與中國國安單位有通報機制，即使港澳過境，只要是中國國安列管名單，都會被中國盯上請去「喝咖啡」，因此連國安軍情系統退役的人員都避免過境港澳，以免被對方清查出來而惹上麻煩。

國安人士表示，在馬英九總統執政期間，兩岸關係處於和緩，一位國安退役高層參加旅行團前往北歐旅行，因班機過境香港轉機，這位國安高層考量港澳地區機場海關電腦系統都與中國有通報機制，管制名單內人員只要進入機場，中國就會知道；因此國安高層獨自多花錢改搭前往新加坡轉機的航班前往北歐，但旅行團內名單還是有這位國安高層，果然該旅行團回程晚間在香港轉機時，全團就被留置一晚在機場過境旅館過夜，隔天才坐早班飛機返台，雖導遊被告知是團內有人被中國列入管制名單，所以被留置一晚，事後了解是誤認團員，但退役國安高層認為中國國安單位應該是在找他。

避免行縱被中國掌握　國安軍情人員不過境港澳

國安與軍情系統人員都不過境港澳地區，就是避免行縱被中國掌握，對有關參與國防事務機密人員的安全管制，若涉及最高等級的人員，國安單位都會建議保密條款中註明不要過境港澳地區，因此台船參與IDS機密等級高者，都有不過境港澳的規定。

據指出，台船對涉密人員出國公務或旅遊都需經過核准的境管之外，涉密人員要將個人的手機、電子信箱等通訊方式登記接受管制，個人手機比照國軍不得用中國製造手機外，手機要裝入軍方防拍照、錄音的軟體，而且不定期安全單位會抽查手機內的安全軟體，以防範洩密。

防範外力潛入　潛艦專用廠房設人臉辨識軟體

至於廠區的門禁安全管制，區分不同等級的管制通行證；目前正在建構潛艦專用廠房等機密等級高區域，結合監視與人臉辨識系統的安全管制，也就是未來潛艦專用廠房外四周都會安裝監視器，這套監視系統內安裝人臉辨識軟體，只要辨識出區域內外有未經核准人員出現，該系統會立即發出警訊，由控制中心通知安全警衛前往處理，以防範外力的潛入。

據指出，慶富承造海軍獵雷艦時，也訂定了相關的保密條款，但是當時慶富的計劃主持人陳偉志就多次有向海軍報備核准，代表公司前往中國簽訂商業合約，但承攬國防軍事裝備，卻不斷前往中國，自然讓外界擔心軍事機密不保；因此這次潛艦國造海軍採最高安全規格，讓台船參與人員與軍方管制一致。