澎湖縣、金門縣及連江縣3離島日前決定，只要抵達機場的民眾，就必須強制配合進行快篩，若民眾不配合，將會依法裁罰新台幣3000至1萬5000元罰緩；不過指揮中心1日深夜發布新聞稿表示，3離島發布的公告已違法《傳染病防治法》，已依法撤銷。對此，離島3縣指出，離島醫療量能不足，禁不起確診者一再進入，痛批中央玩文字遊戲。

指揮中心指揮官陳時中1日在記者會上表示，3離島縣政府公告的入境旅客快篩，違反《傳染病防治法》相關法律規定，會發函撤銷3縣政府公告；而離島擔心疫情入境的情況也已做過說明，飛往金門、馬祖和澎湖的5個航空站都會設立篩檢站，登機者必須要填寫健康聲明書，有症狀就必須要快篩，陰性者才能上飛機。

指揮中心1日深夜也發布新聞稿表示，澎湖縣、金門縣以及連江縣入境旅客要接受快篩的公告，已經違反《傳染病防治法》第17條第1項及第37條第3項等相關法律規定，於中央流行疫情指揮中心成立期間，應依指揮官的指示辦理，3離島公告已由衛生福利部依《行政程序法》第117條規定撤銷。

指揮中心表示，國內新冠肺炎疫情嚴峻，對國內跨縣市移動採取人員進出管制作為，或是要求民眾強制篩檢等，都至全國一制性重要政策，陳時中也一再強調中央和地方應該「標準一致、說法一致、腳步一致」的防疫原則；指揮中心已經建立全國疫情會議機制，統合協調、避免各自為政，影響整體防疫，為了統一事權並維護法治，不得不撤銷3縣公告，3離島若有地方防疫特殊需求，要正式提出計畫報請指揮官指示辦理，以符合權責並完備法律程序。

陳玉珍轟：不要害死我們金門人

不過離島政府似乎對中央撤銷快篩公告感到不滿。金門縣國民黨立委陳玉珍1日在臉書PO出影片怒轟中央，大罵「陳時中，你桃園機場守不住，金門機場我們自己守，你不要害死我們金門人！」並撰文表示，奉勸陳時中對於立法院通過的決議不要陽奉陰違，全面篩檢就是「全面」篩檢，每個搭飛機的都要篩。

金門縣長楊鎮浯1日也在臉書痛批，「中央別再玩文字遊戲了，各種考量都不該凌駕於離島鄉親健康之上」，指出只要1例確診，對離島都是不可承受之重，因此希望中央了解守住「0確診」對於金門的重要性，地方政府無意和中央對抗，但中央還沒按照決議全面篩檢前，金門機場的篩檢站仍將繼續運作；他強調將要求防疫同仁仔細引導所有入境旅客進行快篩，同時也清楚的告知不配合的旅客，民政、警政系統將會加強關懷力度，並進行開罰。

連江縣長劉增應1日也說，全面篩檢要持續做，運用正向技巧和溫和的態度，相信99%的入境者都願意接受篩檢；連江縣國民黨立委陳雪生則說，立法院黨團協商也已經無異議通過赴離島強制快篩，對指揮中心的作法感到奇怪，提醒中央莫忘馬祖是前線，有國安問題，以及醫療量能的不足。

前縣政顧問郁國麟建議縣長賴峰偉，若指揮中心不同意入境全面快篩，「澎湖就自己來」，馬公機場的快篩站不能撤，不同意快篩就送集中檢疫所14天；澎湖縣政府也強調，台灣本島機場全面快篩，是3離島共同主張，中央應該尊重離島訴求並落實立法院附帶決議，而不是撤銷外島的防疫措施，尤其澎湖醫療資源有限，根本禁不起確診者一再進入，縣政府絕不會讓澎湖失守。